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公开(公告)号：CN108363906B
公开(公告)日：2021-12-28
申请号：CN201810143550.7
申请日：2018-02-12
摘要： 本发明涉及利用基于全基因组测序的3K基因组数据比对参考基因组日本晴所获得的包括SNP、InDel和SV等在内的不同维度变异信息，通过统一整合，生成包含超过3000份样本变异信息的水稻多样本整合图谱OsMS‑IVMap1.0。该图谱的创建过程，一方面基于多样本的多种基因组变异搜寻方法；另一方面对不同维度的变异信息进行统一格式化。利用该图谱可以对水稻的重要遗传变异进行整体分析并高效的对比不同类型的基因组变异分布情况，主要应用于在以水稻为代表的模式生物中进行全基因组的变异检测、标记开发和基因功能等研究。
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公开(公告)号：CN109400688A
公开(公告)日：2019-03-01
申请号：CN201811472128.2
申请日：2018-12-04
申请人： 中国农业科学院作物科学研究所 , 中国农业科学院深圳生物育种创新研究院
CPC分类号： C07K14/415 , C12N15/8281
摘要： 本发明公开了OsHAP2C及其编码基因在调控水稻白叶枯病抗性中的应用。本发明公开的OsHAP2C为如下A1)、A2)或A3)：A1)氨基酸序列是序列3的第240-448位的蛋白质；A2)将序列表中序列3的第240-448位所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且具有相同功能的蛋白质；A3)在A1)或A2)的N端或/和C端连接标签得到的融合蛋白质。实验证明，敲除OsHAP2C基因，植物的抗病性提高；转OsHAP2C基因植物的抗病性显著降低，表明该基因可以用于调控植物的抗病性。
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公开(公告)号：CN108048597B
公开(公告)日：2020-06-09
申请号：CN201810058662.2
申请日：2018-01-22
申请人： 中国农业科学院作物科学研究所 , 中国农业科学院深圳生物育种创新研究院
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12N15/11
摘要： 本发明涉及生物分子标记领域，具体公开了与水稻抗旱相关的SNP分子标记及其应用。所述SNP分子标记来自LOC_Os03g20680基因，该SNP分子标记位于水稻第3染色体11,700,160bp位置，碱基为T或A。所述SNP分子标记与水稻干旱胁迫条件下的株高显著相关，位点基因型为A/A的水稻品种在干旱胁迫导致的株高降低的程度显著低于位点基因型为T/T的水稻品种，即位点基因型为A/A的水稻品种的抗旱性显著的优于即位点基因型为T/T的水稻品种。同时依据此SNP位点设计了PCR引物，引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示。利用本发明的SNP分子标记可用于水稻抗旱育种，加速水稻抗旱新种质的创制和水稻抗旱分子育种的进程。
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公开(公告)号：CN106893738B
公开(公告)日：2019-10-11
申请号：CN201710148363.3
申请日：2017-03-13
申请人： 中国农业科学院作物科学研究所 , 中国农业科学院深圳生物育种创新研究院
IPC分类号： C12N15/82 , C07K14/415 , C12N15/29 , A01H5/00 , A01H6/46
摘要： 本发明公开了一种OsSGT1蛋白及其编码基因在调控植物耐盐抗性中的应用。本发明提供一种培育转基因植物的方法，包括如下步骤：将编码OsSGT1蛋白的基因导入出发植物，得到耐盐性降低的转基因植物。所述OsSGT1蛋白，是如下(a1)或(a2)：(a1)由序列表中序列2所示的氨基酸序列组成的蛋白质；(a2)将序列2的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且与植物耐盐性相关的由序列2衍生的蛋白质。本发明对于挖掘植物耐盐基因，了解盐胁迫的发生机理，提高植物耐盐性，培育耐盐性强的植物品种，具有重要的理论指导意义和生产应用价值。
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公开(公告)号：CN109369790A
公开(公告)日：2019-02-22
申请号：CN201811472166.8
申请日：2018-12-04
申请人： 中国农业科学院作物科学研究所 , 中国农业科学院深圳生物育种创新研究院
IPC分类号： C07K14/415 , C12N15/29 , C12N15/82 , A01H5/00 , A01H6/46
CPC分类号： C07K14/415 , C12N15/8282
摘要： 本发明公开了水稻白枯病抗性相关蛋白OsBBR1及其编码基因与应用。本发明公开的水稻白枯病抗性相关蛋白OsBBR1为如下A1)、A2)或A3)：A1)氨基酸序列是序列3的第240-438位的蛋白质；A2)将序列表中序列3的第240-438位所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且具有相同功能的蛋白质；A3)在A1)或A2)的N端或/和C端连接标签得到的融合蛋白质。实验证明，转OsBBR1基因的植株能显著提高植物的抗病性，经基因编辑后OsBBR1蛋白质功能缺失的植株抗病性降低，表明OsBBR1蛋白质及其编码基因可以用于改良植物的抗病性，对于培育抗病植物具有重要的意义。
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公开(公告)号：CN108265076B
公开(公告)日：2019-11-19
申请号：CN201810143767.8
申请日：2018-02-11
申请人： 中国农业科学院作物科学研究所 , 中国农业科学院深圳生物育种创新研究院
摘要： 本发明公开了一种OsSAPK9蛋白及其编码基因在提高水稻耐铝性中的应用。本发明通过研究发现，OsSAPK9过表达的水稻植株对Al胁迫的抗性显著增强，过表达植物的株高减少比例显著少于对照，表明该基因可以用于改良水稻对Al胁迫的抗性。本发明对于培育耐铝水稻新品种具有重要的意义，适合于推广应用。
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公开(公告)号：CN106498058B
公开(公告)日：2019-07-02
申请号：CN201610957926.9
申请日：2016-10-27
申请人： 中国农业科学院作物科学研究所 , 中国农业科学院深圳生物育种创新研究院
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12N15/11
摘要： 本发明公开了一种水稻耐盐基因及其紧密连锁分子标记的育种应用。本发明提供了一种鉴定或辅助鉴定水稻耐盐性的方法，包括如下步骤：检测待测水稻的基因组DNA中rs12_14215505 SNP位点的基因型为CC基因型还是TT基因型；如果待测水稻的基因组DNA中rs12_14215505 SNP位点的基因型为CC基因型、待测水稻为感盐水稻；如果待测水稻的基因组DNA中基于rs12_14215505SNP位点的基因型为TT基因型、待测水稻为耐盐水稻。本发明提供了一个水稻耐盐基因位点，并提供该基因位点的分子标记，该标记可以预测水稻耐盐性，从而为水稻耐盐分子标记辅助选择育种提供基础。
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公开(公告)号：CN108388765A
公开(公告)日：2018-08-10
申请号：CN201810143549.4
申请日：2018-02-12
摘要： 本发明涉及一种利用基于网络平台的全基因组选择育种值无偏估计工具GS1.0的创建及运用其进行全基因组选择中育种值无偏估计的方法。将BLUP与REML的方法结合，利用R撰写可供Linux环境下运行的无偏估计工具GS1.0，并整合到数据库网站平台，方便用户远程分析使用；所创建的育种值无偏估计分析工具GS1.0完全免费，开放友好，能够为更多的育种工作者服务，加快育种进程。该分析工具主要应用于作物基于全基因组选择的分子育种。
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公开(公告)号：CN108376210A
公开(公告)日：2018-08-07
申请号：CN201810144321.7
申请日：2018-02-12
摘要： 本发明涉及一种利用HT变异信息和SNP聚类分组信息进行育种亲本选择的基因组信息辅助育种方法。本发明的实质是通过基因组学和生物信息学的方法，获得候选育种亲本的大量基因组测序信息，一方面通过序列比对分析获得高质量SNP数据集，在此基础上计算候选育种亲本的遗传距离矩阵，构建SNP聚类树，依据亲缘关系远近进行候选亲本的分组；另一方面，根据育种计划所设定的目标性状，选择重要的相关基因位点，获取候选亲本间的HT变异信息，比较携带不同类型HT变异的亲本在目标性状上的差异。通过整合HT变异信息和基于SNP聚类亲本分组信息，从大量候选育种亲本中筛选获得用于目标性状重复表型鉴定的候选亲本。该方法属于水稻分子育种领域，利用数据库信息挖掘，能够从大量候选育种亲本中比较有效的缩小亲本材料范围，减少表型重复鉴定的工作量，提高育种工作效率。
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公开(公告)号：CN108315474A
公开(公告)日：2018-07-24
申请号：CN201810407803.7
申请日：2018-05-02
申请人： 中国农业科学院作物科学研究所 , 中国农业科学院深圳生物育种创新研究院
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12N15/11
CPC分类号： C12Q1/6895 , C12Q2600/13 , C12Q2600/156
摘要： 本发明公开了水稻孕穗期耐冷基因qCT3.12FAZ的分子标记，为采用引物对RM227以带有籼稻品种丰矮占血缘的育种材料基因组DNA为模版扩增出来的95bp核苷酸序列；引物对RM227的正向引物序列如SEQ ID No.1所示，引物对RM227的反向引物序列如SEQ ID No.2所示。本发明的分子标记可用于孕穗期育种群体的基因型选择，有效地鉴别带有该基因的耐冷个体，便于及时的杂交转育，加快育种进程。
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