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公开(公告)号：CN114214436B
公开(公告)日：2024-06-11
申请号：CN202111363429.3
申请日：2021-11-17
申请人： 中国水产科学研究院南海水产研究所
摘要： 本发明公开了基于定量PCR技术评价细菌接合转移效率的方法，属于细菌分子生物技术领域。本发明通过PCR扩增和无缝克隆构建含有受体菌同源序列的自杀质粒；并通过转化方式将其导入供体菌大肠杆菌；接着通过供体菌与受体菌的接合作用，将自杀质粒送入受体菌内，并与受体菌染色体上的同源序列发生同源重组，自杀质粒整合进入受体细胞；根据同源重组后的染色体序列，设计上游引物序列在受体菌染色体上、下游引物序列在质粒上的特异性检测引物，定量PCR的方式定量接合子数量，同时设计相对于供体菌的受体菌的特异性引物，定量受体菌总数量；最后，通过公式：接合效率＝接合子数量÷受体菌总量，得到接合效率。
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公开(公告)号：CN116640713A
公开(公告)日：2023-08-25
申请号：CN202310442221.3
申请日：2023-04-23
申请人： 中国水产科学研究院南海水产研究所
摘要： 本发明公开了基于fimC基因敲除的哈维弧菌高接合转移效率菌株及其构建方法和应用。是将哈维弧菌的运动和分泌伴侣蛋白编码基因fimC敲除，所述的运动和分泌伴侣蛋白编码基因fimC是SEQ ID NO.1的957bp‑1661bp。相比于基因工程出发菌，V.harveyi 345‑ΔfimC的接合转移效率显著提高，且获得的单交换克隆子阳性率高，筛选工作量少，开辟了哈维弧菌通过接合转移及同源重组进行基因敲除的平台，有利于进一步的基因组改造和基因功能研究。
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公开(公告)号：CN114539376B
公开(公告)日：2023-06-13
申请号：CN202210051038.6
申请日：2022-01-17
申请人： 中国水产科学研究院南海水产研究所
IPC分类号： C07K14/435 , C12N15/12 , C12Q1/6888 , C12Q1/6851 , C12N15/11
摘要： 本发明公开了拟穴青蟹生物标记物CYP2基因及其在制备病理检测试剂中的应用。本发明从拟穴青蟹中克隆到拟穴青蟹生物标记物CYP2基因(其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示)，该基因在肝胰腺、鳃、肠、血细胞、心脏、肌肉和胃组织中都有表达，其中在心脏中表达量最高，其次是在肝胰腺中，而在肠道中表达量最低，病原菌副溶血弧菌刺激拟穴青蟹后，SpCYP2基因表达量显著上调，在重金属镉胁迫下，SpCYP2基因表达量显著上调。CYP2基因在毒理学应用上可作为独特的生物标志物，在评价水产动物健康状态具有重要的应用价值。
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公开(公告)号：CN103243180A
公开(公告)日：2013-08-14
申请号：CN201310175247.2
申请日：2013-05-13
申请人： 中国水产科学研究院南海水产研究所
摘要： 本发明公开了一种青蟹双顺反子病毒-1检测用引物组和Taqman探针，引物组由上游引物和下游引物组成，所述的上游引物的碱基序列如序列表中SEQ ID NO.1所示，所述的下游引物的碱基序列如序列表中SEQ ID NO.2所示，所述的Taqman探针的碱基序列如序列表中SEQ ID NO.3所示，在所述的Taqman探针的5′端标记有FAM为荧光发射基团，3′端标记有TAMRA荧光淬灭基团，所述的Taqman探针位于所述上游引物和下游引物之间。还公开了采用该引物组和探针的检测青蟹双顺反子病毒-1的方法和试剂盒，该方法成本低、耗时短、产率高，特异性高，且阴阳性结果差异显著，验证率高，更加明显可靠。
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公开(公告)号：CN115976069A
公开(公告)日：2023-04-18
申请号：CN202210865330.1
申请日：2022-07-21
申请人： 中国水产科学研究院南海水产研究所
摘要： 本发明公开了一株高接合转移效率哈维弧菌及其构建方法和应用。是将哈维弧菌的限制性内切酶BsuBI‑R基因敲除，所述的限制性内切酶BsuBI‑R基因是SEQIDNO.1的921bp‑1901bp。相比于基因工程出发菌，V.harveyi345‑ΔBsuBI‑R的接合转移效率显著提高，且获得的单交换克隆子阳性率高，筛选工作量少，开辟了哈维弧菌通过接合转移及同源重组进行基因敲除的平台，有利于进一步的基因组改造和基因功能研究。
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公开(公告)号：CN107904228B
公开(公告)日：2022-09-06
申请号：CN201711295414.1
申请日：2017-12-08
申请人： 中国水产科学研究院南海水产研究所
摘要： 本发明公开了一种基于热击的哈维弧菌同源重组基因敲除的方法，包括以下步骤：将培养至对数早期的哈维弧菌受体菌热击处理后与培养至对数早期的供体菌进行等体积混匀，室温离心去上清，菌沉淀后重悬，点种至固体平板上，接合过夜，通过对接合受体菌哈维弧菌热击处理，使得哈维弧菌的接合转化效率从无到有，从而对哈维弧菌进行基因敲除。该方法在传统的接合转移法的技术基础上，通过对接合受体菌哈维弧菌热击处理，使得哈维弧菌的接合转化效率从无到有，成功对哈维弧菌进行基因敲除。
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公开(公告)号：CN106801103B
公开(公告)日：2021-05-14
申请号：CN201710111566.5
申请日：2017-02-28
申请人： 中国水产科学研究院南海水产研究所
摘要： 本发明公开了一种无乳链球菌的检测引物组，包括引物对hylB、引物对ponA和引物对cfb；其中，所述引物对hylB包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的引物hylB‑F和核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的引物hylB‑R；所述引物对ponA包括核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的引物ponA‑F和核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的引物ponA‑R；所述引物对cfb包括核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示的引物cfb‑F和核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示的引物cfb‑R。本发明还公开了包含所述引物组的检测试剂盒和使用所述检测试剂盒的多重PCR检测方法本发明特异性好、灵敏度高、简单快速、高效精准，适用于无公害水产品中无乳链球菌的快速检验检疫，可直接应用于水产养殖病害的早期监测和预警。检测无乳链球菌DNA的最低浓度为7.74×10‑3 ng/uL，不需经过细菌培养，检测所需样品量少，可实现微创取样。
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公开(公告)号：CN108707680A
公开(公告)日：2018-10-26
申请号：CN201810420215.7
申请日：2018-05-04
申请人： 中国水产科学研究院南海水产研究所
CPC分类号： C12Q1/689 , C12Q1/686 , C12Q2600/16 , C12Q2537/143
摘要： 本发明公开了一种无乳链球菌毒力基因的三连七重PCR检测引物组，包括毒力基因sip、fbsA、hylB、cfb、sodA、DltR、cspA、ponA、bibA、srr‑1、bca、iagA、scpB、fbsB、pavA、psaA、spb1、bac、cppA、lmb和cylE对应的PCR扩增引物对。各引物序列如序列表所示。本发明还公开了包含上述引物组的试剂盒以及应用上述引物组的无乳链球菌毒力基因的三连七重PCR检测方法。所述检测方法以sip、fbsA、hylB、cfb、sodA、DltR和cspA为第一组，ponA、bibA、srr‑1、bca、iagA、scpB和fbsB为第二组，pavA、psaA、spb1、bac、cppA、lmb和cylE为第三组，同时在同一反应条件下进行PCR反应，同时扩增21个毒力基因目的片段的靶序列，可根据检测结果确定样品是否为无乳链球菌，确定无乳链球菌宿主来源以及分型，评价菌株毒力基因谱型的变异。
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公开(公告)号：CN105176997B
公开(公告)日：2018-04-20
申请号：CN201510733840.3
申请日：2015-11-02
申请人： 深圳市富炜城投资有限公司 , 中国水产科学研究院南海水产研究所 , 陆丰市富炜城种养基地有限公司
CPC分类号： Y02A50/451
摘要： 本发明公开一种副溶血弧菌、美人鱼发光杆菌和鰤诺卡氏菌的检测引物组、检测试剂盒和检测方法；所述引物组包括引物对V.pa、引物对N.se和引物对P.da，所述引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO.1～6所示；所述检测试剂盒包括上述检测引物组；所述检测方法运用上述检测试剂盒进行检测，先对样品进行前处理，并提取基因组DNA作为样品组DNA，再采用PCR方法对样品进行检测。本发明建立了一套三重PCR检测方法，可用于对各时期的副溶血弧菌、美人鱼发光杆菌和鰤诺卡氏菌进行跟踪检测，避免病原菌传播流行，提高科学管理效率，具有很高的实用价值。
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公开(公告)号：CN106801103A
公开(公告)日：2017-06-06
申请号：CN201710111566.5
申请日：2017-02-28
申请人： 中国水产科学研究院南海水产研究所
CPC分类号： C12Q1/689 , C12Q1/686 , C12Q2600/16 , C12Q2537/143
摘要： 本发明公开了一种无乳链球菌的检测引物组，包括引物对hylB、引物对ponA和引物对cfb；其中，所述引物对hylB 包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的引物hylB‑F和核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的引物hylB‑R；所述引物对ponA包括核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的引物ponA‑F和核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的引物ponA‑R；所述引物对cfb包括核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示的引物cfb‑F和核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示的引物cfb‑R。本发明还公开了包含所述引物组的检测试剂盒和使用所述检测试剂盒的多重PCR检测方法本发明特异性好、灵敏度高、简单快速、高效精准，适用于无公害水产品中无乳链球菌的快速检验检疫，可直接应用于水产养殖病害的早期监测和预警。检测无乳链球菌DNA的最低浓度为7.74×10‑3 ng/ uL，不需经过细菌培养，检测所需样品量少，可实现微创取样。
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