公开(公告)号：CN113789391A

公开(公告)日：2021-12-14

申请号：CN202110824311.X

申请日：2021-07-07

Applicant: 中国海洋大学 ,  中国海洋大学三亚海洋研究院

Inventor： 王杨帆 ,  王孟秋 ,  倪萍 ,  吕佳 ,  王师 ,  胡景杰 ,  包振民

IPC: C12Q1/6888 ,  C12Q1/6806 ,  G16B20/20

Abstract: 本发明公开了一种仿刺参育种全基因组50KSNP芯片及应用，包括(1)仿刺参全基因组范围的50kSNP芯片的开发：通过构建仿刺参样品群体，全基因组范围的SNP分型，对仿刺参50KSNP标记筛选，HD‑marker高密度芯片的设计和开发探针的设计进而获得48K位点的液相芯片池；(2)测试芯片的准确性和分型效果，通过DNA样品质量检测，HD‑Marker芯片检测并对结果进行分析确保其具有较高的准确性和较好的分型效果，本芯片可应用于仿刺参全基因组育种芯片在不同群体仿刺参的遗传背景分析、仿刺参性状关联分析。

公开(公告)号：CN113684280A

公开(公告)日：2021-11-23

申请号：CN202110768559.9

申请日：2021-07-07

Applicant: 中国海洋大学三亚海洋研究院 ,  中国海洋大学

Inventor： 胡景杰 ,  吕佳 ,  王师 ,  王孟秋 ,  倪萍 ,  王扬帆 ,  包振民

IPC: C12Q1/6888 ,  C12Q1/6837 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明公开了一种仿刺参抗高温育种低密度12KSNP芯片及应用，包括(1)仿刺参全基因组范围的12KSNP芯片的开发：通过构件仿刺参抗高温群体，全基因组范围的SNP分型，对仿刺参12KSNP标记筛选，HD‑marker高密度芯片的设计和开发探针的设计进而获得12K位点的液相芯片池；(2)测试芯片的准确性和分型效果；本芯片可应用于仿刺参抗高温性状分子育种中的不同地理群体遗传背景分析、抗高温性状遗传力估计的应用以及抗高温性状的全基因组选择育种值分析(GS)。

公开(公告)号：CN114639446B

公开(公告)日：2024-03-15

申请号：CN202210337624.7

申请日：2022-04-01

Applicant: 中国海洋大学

Inventor： 王扬帆 ,  王孟秋 ,  倪萍 ,  侯虎 ,  胡景杰 ,  包振民

IPC: G16B40/00 ,  G16B5/20 ,  G06N3/0464 ,  G06N3/08

Abstract: 本发明提供一种基于MCP稀疏深层神经网络模型估计水产动物基因组育种值的方法，针对SNP直接加性和互作上位效应利用基于最小最大凹度惩罚函数(MCP)正则化稀疏深层神经网络(DNN‑MCP)模型估计水产动物基因加性效应及非线性上位效应，并解析生长或抗逆性状进行基因组育种值估计。通过深层神经网络(DNN)模型进行MCP正则化约束，压缩基因互作较小SNP效应DNN‑MCP模型的稀疏结构，最终求得深层稀疏结构MCP‑DNN的输出结果，解决因SNP互作效应引起参数“高维灾难”，导致深层神经网络(DNN)过度拟合问题，进而显著提高基因组育种值估计的准确性。

公开(公告)号：CN114639446A

公开(公告)日：2022-06-17

申请号：CN202210337624.7

申请日：2022-04-01

Applicant: 中国海洋大学

Inventor： 王扬帆 ,  王孟秋 ,  倪萍 ,  侯虎 ,  胡景杰 ,  包振民

IPC: G16B40/00 ,  G16B5/20 ,  G06N3/04 ,  G06N3/08

Abstract: 本发明提供一种基于MCP稀疏深层神经网络模型估计水产动物基因组育种值的方法，针对SNP直接加性和互作上位效应利用基于最小最大凹度惩罚函数(MCP)正则化稀疏深层神经网络(DNN‑MCP)模型估计水产动物基因加性效应及非线性上位效应，并解析生长或抗逆性状进行基因组育种值估计。通过深层神经网络(DNN)模型进行MCP正则化约束，压缩基因互作较小SNP效应DNN‑MCP模型的稀疏结构，最终求得深层稀疏结构MCP‑DNN的输出结果，解决因SNP互作效应引起参数“高维灾难”，导致深层神经网络(DNN)过度拟合问题，进而显著提高基因组育种值估计的准确性。