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公开(公告)号：CN119265327A
公开(公告)日：2025-01-07
申请号：CN202411825189.8
申请日：2024-12-12
Applicant: 中国海洋大学三亚海洋研究院 , 中国海洋大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/689 , C12Q1/6895 , C12Q1/70 , C12Q1/6869 , G16B20/00 , G16B30/10
Abstract: 本发明公开了一种联合解析宿主及其共存微生物的简化基因组分析方法，步骤如下：构建宿主与微生物IIB酶切的全息组学数据库；选择合适材料进行混合DNA的提取；混合DNA进行质检；质检合格后构建2b‑RAD/多组学MisoRAD文库并测序；测序数据进行质控和酶切标签提取后，比对至上述构建的数据库，其中比对至宿主和微生物的数据分别采用不同软件进行宿主基因型分析和微生物物种与丰度分析。本发明可低成本、高效率的在单文库实现宿主基因组分型和微生物物种与丰度鉴定的同步联合分析；对DNA检测量要求极低，无需破坏性取样，可动态追踪全息组学的变化。
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公开(公告)号：CN113789391A
公开(公告)日：2021-12-14
申请号：CN202110824311.X
申请日：2021-07-07
Applicant: 中国海洋大学 , 中国海洋大学三亚海洋研究院
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6806 , G16B20/20
Abstract: 本发明公开了一种仿刺参育种全基因组50KSNP芯片及应用，包括(1)仿刺参全基因组范围的50kSNP芯片的开发：通过构建仿刺参样品群体，全基因组范围的SNP分型，对仿刺参50KSNP标记筛选，HD‑marker高密度芯片的设计和开发探针的设计进而获得48K位点的液相芯片池；(2)测试芯片的准确性和分型效果，通过DNA样品质量检测，HD‑Marker芯片检测并对结果进行分析确保其具有较高的准确性和较好的分型效果，本芯片可应用于仿刺参全基因组育种芯片在不同群体仿刺参的遗传背景分析、仿刺参性状关联分析。
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公开(公告)号：CN113684280A
公开(公告)日：2021-11-23
申请号：CN202110768559.9
申请日：2021-07-07
Applicant: 中国海洋大学三亚海洋研究院 , 中国海洋大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6837 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种仿刺参抗高温育种低密度12KSNP芯片及应用，包括(1)仿刺参全基因组范围的12KSNP芯片的开发：通过构件仿刺参抗高温群体，全基因组范围的SNP分型，对仿刺参12KSNP标记筛选，HD‑marker高密度芯片的设计和开发探针的设计进而获得12K位点的液相芯片池；(2)测试芯片的准确性和分型效果；本芯片可应用于仿刺参抗高温性状分子育种中的不同地理群体遗传背景分析、抗高温性状遗传力估计的应用以及抗高温性状的全基因组选择育种值分析(GS)。
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公开(公告)号：CN119643529A
公开(公告)日：2025-03-18
申请号：CN202411587083.9
申请日：2024-11-08
Applicant: 中国海洋大学
Abstract: 本发明提供一种基于拉曼光谱无损检测扇贝闭壳肌EPA和DHA含量的方法，是先运用无损取鳃丝组织的方法在扇贝存活状态下取适量鳃丝组织，制成冷冻切片，对切片进行拉曼激光扫描获得原始数据，经归一化、降噪、基线校正等预处理后，选取特征波长，结合闭壳肌脂质组数据建立以鳃丝拉曼数据跨组织预测闭壳肌不饱和脂肪酸含量的模型。相比现有的检测扇贝不饱和脂肪酸含量的方法,本发明的测定方法实现在保证扇贝存活的状态下，快速、准确、简便地对扇贝主要可食用部分横纹肌的不饱和脂肪酸含量进行检测，且大大降低了检测成本,为贝类品质性状的选育提供高效简便的技术手段，有利于在水产种质的综合评估和遗传改良工作中普及和推广。
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公开(公告)号：CN118985494A
公开(公告)日：2024-11-22
申请号：CN202411497409.9
申请日：2024-10-25
Applicant: 中国海洋大学
IPC: A01K61/54 , C12N15/10 , C12Q1/6806
Abstract: 本发明提供了一种贝类幼虫期快速、高效的壳分离方法，涉及贝类幼虫期壳分离技术领域，包括以下步骤：S1、获得扇贝幼虫，用3x PBS溶液冲洗；S2、裂解液解离幼虫，分离壳与软组织，所述裂解液含有以下组分：异硫氰酸胍、月桂酰基肌氨酸钠、柠檬酸钠；S3、幼虫壳收集和冲洗；S4、幼虫壳分离程度检测。采用本发明贝类幼虫期快速、高效的壳分离方法，分离时间大大缩短，减少了对壳内结构和成分的破坏，且分离后壳的软体组织污染少。另外，使用本方法分离得到的幼虫期壳能够提取完整的DNA，经高通量测序文库库检合格。本发明有效地解决了贝类幼虫期壳分离的技术难题，为幼虫期壳的基因组学、转录组学、蛋白质组学以及代谢组学等相关研究提供基础。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN109584956B
公开(公告)日：2021-05-04
申请号：CN201811467986.8
申请日：2018-12-03
Applicant: 青岛欧易生物科技有限公司 , 中国海洋大学 , 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
Abstract: 本发明公开了一种利用IIB型限制性内切酶进行微生物群落鉴定的方法，步骤如下：利用IIB型限制性内切酶对基因组DNA进行酶切；DNA酶切片段连接相应数目种类的接头，然后进行PCR扩增，扩增产物通过再次酶切扩增得到相应数目的DNA文库，将质检合格的DNA文库进行高通量测序；建立“微生物IIB酶切组”数据库，并找到针对物种在不同分类级上的特有序列，建立“微生物IIB酶切特有序列数据库”；对测序获得的序列数据进行质量控制，保留含有酶切特异性位点的25bp‑35bp的碱基片段。本发明的鉴定方法，既能保留宏基因组鸟枪测序优点，又能解决成本问题，且具备处理痕量DNA的能力。
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公开(公告)号：CN107058298A
公开(公告)日：2017-08-18
申请号：CN201710418179.6
申请日：2017-06-06
Applicant: 中国海洋大学
IPC: C12N15/10
Abstract: 本发明公开了一种基于人工减数分裂的辅助基因组组装方法，将基因组以克隆文库的形式等分，建立随机的人工减数分裂样本，并通过HpaII甲基转移酶和FspEI甲基修饰依赖型内切酶进行处理，形成高密度的分型标记，进而分析获得分型标记的排序信息，实现scaffold的进一步组装或者Pacbio测序reads直接串联组装。本发明基于人工减数分裂的组装策略，具有实验操作简单、周期短、成本低等优点，能够在有限的人力物力条件下进行高覆盖率和准确率的基因组拼接，在基因组相对复杂并且高度杂合的物种中有更大的应用前景。
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公开(公告)号：CN109584956A
公开(公告)日：2019-04-05
申请号：CN201811467986.8
申请日：2018-12-03
Applicant: 青岛欧易生物科技有限公司 , 中国海洋大学 , 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
Abstract: 本发明公开了一种利用IIB型限制性内切酶进行微生物群落鉴定的方法，步骤如下：利用IIB型限制性内切酶对基因组DNA进行酶切；DNA酶切片段连接相应数目种类的接头，然后进行PCR扩增，扩增产物通过再次酶切扩增得到相应数目的DNA文库，将质检合格的DNA文库进行高通量测序；建立“微生物IIB酶切组”数据库，并找到针对物种在不同分类级上的特有序列，建立“微生物IIB酶切特有序列数据库”；对测序获得的序列数据进行质量控制，保留含有酶切特异性位点的25bp-35bp的碱基片段。本发明的鉴定方法，既能保留宏基因组鸟枪测序优点，又能解决成本问题，且具备处理痕量DNA的能力。
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公开(公告)号：CN106192021A
公开(公告)日：2016-12-07
申请号：CN201610629494.9
申请日：2016-08-02
Applicant: 中国海洋大学
CPC classification number: C12Q1/68 , C40B50/06 , C12N15/1065 , C12Q1/6869 , C12Q2525/191 , C12Q2563/185 , C12Q2521/301
Abstract: 本发明公开了一种串联RAD标签测序文库的构建方法，步骤为：1）酶切：利用内切酶对DNA进行酶切反应；2）接头连接：对酶切片段分别连接接头，接头设计有SapI酶的酶切位点和用于实现标签串联的特征序列以及扩增引物结合的通用序列；3）连接产物扩增：利用生物素引物和普通引物组合进行PCR扩增，富集，切胶回收PCR产物，再次扩增，等量混合纯化；4）串联标签文库：利用SapI酶对PCR产物进行酶切，依次串联；5）串联长标签富集：串联长标签经凝胶纯化后利用引物进行PCR扩增，引入barcode构建文库；6）文库测序本发明能够实现对全基因组范围遗传标记和表观遗传变异进行高通量、低成本地筛查和检测。
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公开(公告)号：CN106192021B
公开(公告)日：2017-04-26
申请号：CN201610629494.9
申请日：2016-08-02
Applicant: 中国海洋大学
Abstract: 本发明公开了一种串联RAD标签测序文库的构建方法，步骤为：1）酶切：利用内切酶对DNA进行酶切反应；2）接头连接：对酶切片段分别连接接头，接头设计有SapI酶的酶切位点和用于实现标签串联的特征序列以及扩增引物结合的通用序列；3）连接产物扩增：利用生物素引物和普通引物组合进行PCR扩增，富集，切胶回收PCR产物，再次扩增，等量混合纯化；4）串联标签文库：利用SapI酶对PCR产物进行酶切，依次串联；5）串联长标签富集：串联长标签经凝胶纯化后利用引物进行PCR扩增，引入barcode构建文库；6）文库测序本发明能够实现对全基因组范围遗传标记和表观遗传变异进行高通量、低成本地筛查和检测。
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