一种底栖动物COI基因的高通量测序方法及其应用

    公开(公告)号:CN110894526A

    公开(公告)日:2020-03-20

    申请号:CN201910840869.X

    申请日:2019-09-05

    Abstract: 本发明属于底栖动物鉴定技术领域,具体涉及一种底栖动物COI基因的高通量测序方法及其应用,包括如下步骤:S1、以底栖动物混合样品的DNA样本为模板,PCR扩增COI基因;S2、以S1步骤中的PCR扩增产物为模板,进行PCR扩增,扩增的引物对上包括焦磷酸测序高通量测序接头,每个样品对应一种焦磷酸测序高通量测序接头,得到PCR产物作为DNA文库;S3、将获得的DNA文库进行质量检测,然后选择合格的DNA文库进行emPCR扩增和高通量测序;上述的方法可通过一次性测序,获得高通量、读长覆盖大型底栖动物群落全长COI基因~658bp序列,提供了较大的分类学分辨率,并且避免了由于通量过高而带来的假阳性问题。

    一种鱼类多样性和相对丰度的评估方法

    公开(公告)号:CN115011678A

    公开(公告)日:2022-09-06

    申请号:CN202210447913.2

    申请日:2022-04-26

    Abstract: 本发明涉及环境生物技术领域,具体讲,涉及一种鱼类多样性和相对丰度的评估方法。至少包括以下步骤:获得本土鱼类的种属和样品;构建本土鱼类的线粒体基因组数据,获得本土数据;整合本土数据和公共数据库数据,获得参考数据库1;采集待测流域的水环境样本和表层沉积物样本,提取DNA;获得DNA中目的基因的扩增产物,采用参考数据库1进行注释,联用水体和表层沉积物DNA宏条形码数据得到鱼类多样性和相对丰度。本发明完善了待监测流域本土鱼类的线粒体数据库,辅以两个权威数据库对鱼类物种进行注释,综合考虑水样、表层沉积物2个介质的DNA监测结果,提高了鱼类物种监测数量,提高了鱼类物种相对丰度估算的准确度。

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