考虑界面信息和相互作用能的蛋白质-DNA结合亲和性预测方法

    公开(公告)号:CN115083515A

    公开(公告)日:2022-09-20

    申请号:CN202210785327.9

    申请日:2022-06-30

    Abstract: 考虑界面信息和相互作用能的蛋白质‑DNA结合亲和性预测方法,属于蛋白质‑DNA相互作用与识别预测技术领域。首先构建训练集和测试集,根据实验结合亲和性数据以及复合物结构PDB ID号,取得340个样本,其中36个作为独立测试集,其余作为训练集;然后按以下三个步骤进行:1:对复合物结构进行分类;2:提取复合物特征;3:使用集成回归模型预测复合物结合亲和性。在此过程种,根据DNA结构类型和蛋白质上结合残基占比对复合物进行分类,并针对每种复合物类型提取各自的最优特征组合;除蛋白质和DNA的序列和结构特征外,加入了界面特征和相互作用能特征。

    一种基于WSFA-AFE的ILSTM神经网络的出水BOD浓度预测方法

    公开(公告)号:CN116306803A

    公开(公告)日:2023-06-23

    申请号:CN202310023342.4

    申请日:2023-01-09

    Abstract: 一种基于WSFA‑AFE的ILSTM神经网络的出水BOD浓度预测方法涉及人工智能领域。本发明针对神经网络进行出水BOD多元时间序列预测时,输入的特征变量及输入历史步长难以确定的问题,提出了一种WSFA‑AFE方法。其能够自适应地提取多元时间序列中的动态特征变量,使得神经网络对出水BOD浓度进行更好得预测。本文针对标准LSTM神经网络结构参数众多,训练过程耗时长的问题,提出了一种ILSTM神经网络。通过简化结构方程中的递归项权值,减少了网络中所需训练参数的数目,并且通过参数更新算法加快收敛速度。本发明根据污水处理过程采集的数据实现了未来时刻污水出水BOD浓度的高效、准确、低成本预测。

    考虑界面信息和相互作用能的蛋白质-DNA结合亲和性预测方法

    公开(公告)号:CN115083515B

    公开(公告)日:2024-06-11

    申请号:CN202210785327.9

    申请日:2022-06-30

    Abstract: 考虑界面信息和相互作用能的蛋白质‑DNA结合亲和性预测方法,属于蛋白质‑DNA相互作用与识别预测技术领域。首先构建训练集和测试集,根据实验结合亲和性数据以及复合物结构PDB ID号,取得340个样本,其中36个作为独立测试集,其余作为训练集;然后按以下三个步骤进行:1:对复合物结构进行分类;2:提取复合物特征;3:使用集成回归模型预测复合物结合亲和性。在此过程种,根据DNA结构类型和蛋白质上结合残基占比对复合物进行分类,并针对每种复合物类型提取各自的最优特征组合;除蛋白质和DNA的序列和结构特征外,加入了界面特征和相互作用能特征。

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