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公开(公告)号：CN111681290B
公开(公告)日：2023-08-15
申请号：CN202010319479.0
申请日：2020-04-21
申请人： 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
摘要： 一种基于DNA编码技术的图片存储方法，所述方法包括步骤：获取待存储图片；将所述图片转换为RGB文本格式；构建所述RGB文本的最优三叉哈夫曼树；对所述最优三叉哈夫曼树进行三进制编码，以得到三进制编码文件；对所述三进制编码文件添加检验和；对所述三进制编码文件进行DNA编码。本申请提供的一种基于DNA编码技术的图片存储方法的优点为：(1)可并行访问性；(2)信息保真度高且久；(3)高存储密度和强兼容性；(4)可解决大规模信息存储问题。
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公开(公告)号：CN109360603A
公开(公告)日：2019-02-19
申请号：CN201811249167.6
申请日：2018-10-25
申请人： 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
IPC分类号： G16B20/20
摘要： 本发明实施例提供了一种确定肠道细菌亚种的方法及设备。其中，所述方法包括：分析肠道细菌物种的每个样本，获取基因测序深度大于测序深度阈值的细菌物种，将选出的细菌物种的基因序列与PhyloPhlAn标记基因进行比对，实现肠道细菌物种样本的基因序列比对到相应的细菌物种；将基因序列比对后的肠道细菌物种样本进行SNP调用，得到调用SNP的肠道细菌物种样本，根据SNP出现的频率采用k中心点算法，将所述调用SNP的肠道细菌物种样本以细菌物种的形式进行聚类，根据每个聚类的中心点，获取调用SNP的肠道细菌物种样本的候选肠道细菌亚种集，最终确定肠道细菌亚种的集合。本发明实施例提供的确定肠道细菌亚种的方法及设备，可以精确确定肠道细菌亚种的构成及种类。
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公开(公告)号：CN110097976B
公开(公告)日：2023-06-23
申请号：CN201910334789.7
申请日：2019-04-24
申请人： 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
摘要： 本发明提供了一种中药复方制剂的生物成分分析方法，包括：样品采集并提取基因组DNA；以提取的DNA作为模板，PCR扩增其ITS2序列和trnL序列；将扩增得到的ITS2序列片段和trnL序列片段纯化并进行高通量测序；测序结果总体分析以及使用MOTHUR软件对测序原始数据进行拼接、质控和分组，得到分组后的测序数据；进行多线程化，利用多核CPU的并行处理能力，将数据按照序列ID分成多个片段，并分配多个线程并行化运行，通过blast序列比对从NCBI数据库获取中药复方制剂样品的物种信息；统计样品物种信息，并对样品物种信息进行多维分析，通过所述多维分析结果对中药复方制剂进行质量评价；效率高，精度高。
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公开(公告)号：CN109215736B
公开(公告)日：2021-10-08
申请号：CN201811130676.7
申请日：2018-09-27
申请人： 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
摘要： 本发明公开了一种肠道病毒组的高通量检测方法，其中，所述方法以Kraken自带的病毒库(衍生于Refseq的病毒库)为基础，建立现有样本数据库的肠道病毒组分注释平台和肠道病毒组分分析平台，肠道组分分析平台分析肠道组分注释平台获得的数据，并以构建预测模型和肠道病毒数据集，再将高通量测序待测样本的肠道病毒组与预测模型比对，比对结果用于判断宿主的血压与设定阈值对比，对比后概率值最高的一组数据为待测样本的对比结果。本发明以人类肠道微生物群落里的病毒组作为研究对象，基于微生物组和生物信息学思路，提供一种利用肠道病毒组样本预测高血压的方法，具有周期短、无创取样、通用性高、附加值高等特点。
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公开(公告)号：CN110136778A
公开(公告)日：2019-08-16
申请号：CN201910342119.X
申请日：2019-04-26
申请人： 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
IPC分类号： G16B40/00
摘要： 本发明提供了一种微生物群中物种的关联性挖掘方法，其中所述方法包括：首先，对微生物群落DNA进行高通量测序，计算测序数据得出物种组成和丰度分布；然后，通过Loose Definition方法扩大物种间相关关系候选范围；最后，挖掘间接关系、线性关系和非线性关系。相较于现有技术，本发明能够更好的还原微生物网络，以便于从系统层面研究微生物共出现网络，为发现关键物种间未知的相关关系做铺垫。
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公开(公告)号：CN109593865A
公开(公告)日：2019-04-09
申请号：CN201811252030.6
申请日：2018-10-25
申请人： 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
摘要： 本发明实施例提供了一种海洋珊瑚菌群结构分析、基因挖掘方法及设备。其中，所述方法包括：对海洋珊瑚菌群样本的16S rRNA进行OTU聚类得到OTU表，剔除分布不均匀的OTU，采用QIIME2分析流程对海洋珊瑚菌群样本进行分析，获取海洋珊瑚菌群的分类结果，并获取海洋珊瑚菌群的组成结构及丰度；对分类后的海洋珊瑚菌群进行Core/Pan物种分析，获取海洋珊瑚菌群中的细菌在形成海洋珊瑚共生体过程中发挥的功能，并构建海洋珊瑚与细菌关系网络及海洋珊瑚发育树，获取海洋珊瑚核心细菌与菌群丰度之间的相关性，挖掘具有核心生态功能的菌群基因。本发明实施例提供的海洋珊瑚菌群结构分析、基因挖掘方法及设备，有助于全面研究海洋珊瑚菌群物种与基因的多样性和分布情况。
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公开(公告)号：CN109337967A
公开(公告)日：2019-02-15
申请号：CN201811130690.7
申请日：2018-09-27
申请人： 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
IPC分类号： C12Q1/6869
CPC分类号： C12Q1/6869 , C12Q2549/119 , C12Q2537/165 , C12Q2535/122
摘要： 本发明公开了一种实验室的微生物污染鉴别方法，其中，所述鉴别方法采用巢式PCR对实验室微生物16S rRNA进行高通量测序，测序结果与微生物对照表进行对比，无重叠的微生物判断为污染物。本发明采用以实验室微生物污染物作为研究对象，基于生物信息学思路和高通量测序技术，结合生物信息学方法定性和定量分析可能的污染物并推测污染源头，提供一种普适性的鉴定方法，具有检测周期短，检测通量高，准确性高、灵敏度高、指导性强、针对性强，通用性好的特点。
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公开(公告)号：CN110827917B
公开(公告)日：2023-10-20
申请号：CN201911075063.2
申请日：2019-11-06
申请人： 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
摘要： 本发明属于肠道微生物技术领域，特别涉及一种基于SNP鉴定个体肠道菌群类型的方法，包括如下步骤：S1，获得纵向序列上的个体肠道菌群的测序数据，并对所有的物种进行分析得到物种丰度表；S2，筛选肠道菌群的主要组成成分；S3，分析、挖掘肠道菌群的SNP；S4，鉴定个体肠道菌群类型，指导肠道菌群健康预警。本发明的基于SNP鉴定个体肠道菌群类型的方法基于微生物组学和生物信息学思路，分析、挖掘具有季节循序行的物种SNP位点进行研究，具有高灵敏度和选择性，并且检测通量高，能够鉴定个体肠道菌群类型，指导肠道菌群健康预警，可用于监测、评估人体的健康状况。
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公开(公告)号：CN111681704B
公开(公告)日：2022-06-17
申请号：CN202010319607.1
申请日：2020-04-21
申请人： 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
摘要： 一种基于matk基因的未知植物物种识别数据库的构建方法及数据库，所述方法包括步骤：获取含有matk基因的原始序列数据文件；提取所述原始序列数据文件中的物种注释信息；将所述物种注释信息整合至所述matK基因上，以得到matK序列；对所述matk序列进行质量控制；根据所述matk序列之间的相似性进行聚类；根据聚类结果构建所述数据库。本申请提供的一种基于matk基因的未知植物物种识别数据库的构建方法及数据库优点为：(1)检测通量高；(2)高灵敏度和选择性；(3)该方法所构建的数据库覆盖面广、数据质量高、信息全面；(4)可以利用生物信息学方法在物种的水平上确定未知物种。
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公开(公告)号：CN109273053B
公开(公告)日：2021-10-08
申请号：CN201811130694.5
申请日：2018-09-27
申请人： 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
摘要： 本发明公开了一种高通量测序的微生物数据处理方法，其中，所述方法包括：高通量测序的微生物16sRNA读段进行重叠群组装、分箱，以q‑PCR标记微生物重叠群，使所述微生物重叠群包含标记基因，去除含有标记基因的生物重叠群，获得高质量微生物宏基因组测序数据。本发明通过序列聚类等方法鉴定的去除来源于污染物的序列，得到更为高纯度的微生物宏基因组测序数据，保证基于微生物宏转录组测序数据的基因表达结果更为准确。本发明以微生物宏基因组测序数据作为研究对象，基于生物信息学思路，提高微生物宏基因组测序数据的质量。
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