公开(公告)号：CN107609350A

公开(公告)日：2018-01-19

申请号：CN201710803991.0

申请日：2017-09-08

申请人： 厦门极元科技有限公司

发明人： 杨文娴 ,  张翔 ,  俞容山

IPC分类号： G06F19/22 ,  G06F19/28

摘要： 本发明一种二代测序数据分析平台的数据处理方法，其中二代测序数据分析平台IMP将整个二代测序NGS处理流程实现为从输入FASTQ文件格式的短读长序列到输出标准VCF文件格式的变异检测的单个步骤，同时，还提供以标准SAM或BAM格式输出序列比对中间结果的选项，通过大量的内存访问、而不是使用缓慢的I/O来交换数据，可避免较慢的硬盘和SSD的I/O访问所需的数据搜索和加载时间，使哈希表写入或读出、删除重复比对记录，以及变异检测都更为迅速，在不影响分析质量的前提下，能实现快速的二代测序NGS数据分析，与现有方案相比速度提升达20倍。

公开(公告)号：CN107609350B

公开(公告)日：2020-04-03

申请号：CN201710803991.0

申请日：2017-09-08

申请人： 厦门极元科技有限公司

发明人： 杨文娴 ,  张翔 ,  俞容山

IPC分类号： G16B30/00 ,  G16B50/00

摘要： 本发明一种二代测序数据分析平台的数据处理方法，其中二代测序数据分析平台IMP将整个二代测序NGS处理流程实现为从输入FASTQ文件格式的短读长序列到输出标准VCF文件格式的变异检测的单个步骤，同时，还提供以标准SAM或BAM格式输出序列比对中间结果的选项，通过大量的内存访问、而不是使用缓慢的I/O来交换数据，可避免较慢的硬盘和SSD的I/O访问所需的数据搜索和加载时间，使哈希表写入或读出、删除重复比对记录，以及变异检测都更为迅速，在不影响分析质量的前提下，能实现快速的二代测序NGS数据分析，与现有方案相比速度提升达20倍。

公开(公告)号：CN108197433A

公开(公告)日：2018-06-22

申请号：CN201711484262.X

申请日：2017-12-29

申请人： 厦门极元科技有限公司

发明人： 张翔 ,  杨文娴 ,  俞容山

IPC分类号： G06F19/22 ,  G06F19/28

摘要： 本发明公开一种快速DNA测序数据分析平台的数据内存和硬盘分流存储方法，包括：将序列比对数据分成索引数据和其他数据，将索引数据全部存放于计算机内存；对其他数据，按照一定的比例，以基因段为单位，分别放入计算机内存和和硬盘文件中。本发明降低了IMP算法分析海量基因测序数据时对计算机内存扩大的需求，同时降低了基因测序平台的搭建成本。