公开(公告)号：CN117437979A

公开(公告)日：2024-01-23

申请号：CN202311332189.X

申请日：2023-10-13

Applicant: 哈尔滨工程大学

Inventor： 徐丽 ,  薛同 ,  马鸣霄 ,  李振鹏 ,  任佳旭 ,  王莉雯

IPC: G16B30/00 ,  G16B40/30 ,  G06F17/16 ,  G06N3/0455 ,  G06F18/23213

Abstract: 一种基于图自编码器的单细胞RNA测序数据聚类方法及系统，它属于深度学习和生物信息领域。本发明解决了现有聚类方法没有深入考虑细胞与细胞之间的关系，导致对单细胞RNA测序数据的聚类精度低的问题。本发明采用特征自编码器进行数据特征的提取并采用KNN算法构成图，作为后续图自编码器的输入，从图的角度出发考虑细胞间的关系，而不是传统的仅仅考虑一个个孤立的点；引入了基于GAT的图自编码器进行图重构效果的优化，自适应地计算每个图节点的邻居节点的权重，从而抽象出细胞之间的高阶关系。本发明可以应用于单细胞RNA测序数据聚类。

公开(公告)号：CN114187966A

公开(公告)日：2022-03-15

申请号：CN202111509958.X

申请日：2021-12-10

Applicant: 哈尔滨工程大学

Inventor： 徐丽 ,  薛同 ,  许寅 ,  丛晓红 ,  江粤 ,  张新玉

IPC: G16B30/00 ,  G16B40/00 ,  G16B45/00 ,  G06K9/62

Abstract: 一种基于生成对抗网络的单细胞RNA序列缺失值填补方法，它属于生物信息领域。本发明解决了采用现有方法对缺失数据填补的准确率低的问题。本发明通过生成对抗网络对RNA序列缺失值进行填补，在生成器部分，引入由DrImpute填补完成的数据作为方向约束，在使用自编码器生成缺失值的同时，在损失函数中加入方向约束项，并对解码层给予了一个Relu激活函数来解决填补后的数据出现负值的情况。实验证明，采用本发明的方法可以显著提高数据填补的准确率。本发明可以应用于对RNA序列缺失值进行填补。