一种蛋白质二维结构图功能元件的自动布线方法

    公开(公告)号:CN106529206A

    公开(公告)日:2017-03-22

    申请号:CN201611186987.6

    申请日:2016-12-20

    CPC classification number: G06F19/16

    Abstract: 本发明提供一种蛋白质二维结构图功能元件的自动布线方法,包括:获取蛋白质的长度、蛋白质结构图中的蛋白质功能元件数据,并保存,判断功能元件文件数据是否为空,若否,则读取功能元件文件数据;根据两个相邻的功能元件的位置的差与两个功能元件名称之间相对距离的最小差判断相邻功能元件的名称是否重叠,若是,则根据功能元件文件中功能元件位置,功能元件名称之间相对距离的最小差重新确定功能元件名称的横坐标最终位置,若否,则功能元件文本文件中的功能元件位置即是功能元件名称的横坐标最终位置;根据功能元件文件中的功能元件位置、功能元件名称的横坐标最终位置确定标注线的位置。本发明使得绘制蛋白质二维结构图快速精确。

    一种在染色体上定位并显示生物基因表达信息及环境敏感区域的方法

    公开(公告)号:CN104182656A

    公开(公告)日:2014-12-03

    申请号:CN201410395461.3

    申请日:2014-08-12

    Abstract: 本发明提供了一种在染色体上定位显示生物基因表达信息及环境敏感区域的方法以及系统。该方法包括:下载生物染色体基因组序列;读入相应生物样本基因表达芯片数据后经对照处理、对数处理和归一化处理,得环境条件值;将基因表达芯片数据矩阵中的基因名字与下载的生物染色体基因序列中基因名字相匹配后,将基因的环境条件值定位到生物体基因组序列中对应基因位置上;根据定位的环境条件值,得生物染色体基因组上基因表达图像以及环境敏感区域。本发明实现了表达变化的基因在染色体上的分布特征的可视化功能,可获得环境敏感区域基因的分布特征数据,为在染色体层面上分析基因表达变化敏感区域,推测环境敏感型的转录因子提供有效的帮助。

    一种用于评估硫丹促癌风险的方法

    公开(公告)号:CN107058556A

    公开(公告)日:2017-08-18

    申请号:CN201710322541.X

    申请日:2017-05-09

    Abstract: 本发明提供了一种用于评估硫丹促癌风险的方法,该方法包括检测生物样品中生物标志物表达的步骤,所述生物标志物为PRL‑3。本发明的方法简便,相关性较高,可以快速评估硫丹的促癌风险。本发明通过生物信息学分析筛选出PRL‑3是硫丹与前列腺癌相关的关键基因,在细胞学方面证实硫丹可以通过促进PRL‑3表达,提高前列腺癌细胞的迁移游走能力,提示硫丹具有促进前列腺癌发展的风险。本发明为寻找环境污染物引起人类疾病的关键基因提供重要的参考价值,并为将来针对环境污染物所引起的人类疾病的靶向治疗提供了重要的线索。

    一种用于评估硫丹生物毒性的方法

    公开(公告)号:CN104034879A

    公开(公告)日:2014-09-10

    申请号:CN201410310622.4

    申请日:2014-07-01

    Inventor: 徐丹 孙野青

    CPC classification number: G01N33/50 G01N33/68

    Abstract: 一种用于评估硫丹生物毒性的方法,该方法包括检测生物样品中生物标志物表达的步骤,所述生物标志物为IL-6和/或IL-8。本发明的方法简便,相关性较高,可以快速评估生物体是否被硫丹暴露并导致了细胞毒性。本发明从炎症角度探讨了硫丹的毒性与炎性因子IL-6和IL-8的表达变化有关,提示了IL-6和IL-8可以作为评价硫丹细胞毒性的生物指标,反映硫丹暴露的浓度与效应之间的关系,对判定硫丹的生物毒性尤其是炎性损伤对生物个体的影响具有重要的意义,有利于揭示环境持久性有机污染物炎性损伤的分子机制。

    一种在染色体上定位并显示生物基因表达信息及环境敏感区域的方法

    公开(公告)号:CN104182656B

    公开(公告)日:2017-06-16

    申请号:CN201410395461.3

    申请日:2014-08-12

    Abstract: 本发明提供了一种在染色体上定位显示生物基因表达信息及环境敏感区域的方法以及系统。该方法包括:下载生物染色体基因组序列;读入相应生物样本基因表达芯片数据后经对照处理、对数处理和归一化处理,得环境条件值;将基因表达芯片数据矩阵中的基因名字与下载的生物染色体基因序列中基因名字相匹配后,将基因的环境条件值定位到生物体基因组序列中对应基因位置上;根据定位的环境条件值,得生物染色体基因组上基因表达图像以及环境敏感区域。本发明实现了表达变化的基因在染色体上的分布特征的可视化功能,可获得环境敏感区域基因的分布特征数据,为在染色体层面上分析基因表达变化敏感区域,推测环境敏感型的转录因子提供有效的帮助。

    一种蛋白质二维结构图功能元件的自动布线方法

    公开(公告)号:CN106529206B

    公开(公告)日:2019-02-22

    申请号:CN201611186987.6

    申请日:2016-12-20

    Abstract: 本发明提供一种蛋白质二维结构图功能元件的自动布线方法,包括:获取蛋白质的长度、蛋白质结构图中的蛋白质功能元件数据,并保存,判断功能元件文件数据是否为空,若否,则读取功能元件文件数据;根据两个相邻的功能元件的位置的差与两个功能元件名称之间相对距离的最小差判断相邻功能元件的名称是否重叠,若是,则根据功能元件文件中功能元件位置,功能元件名称之间相对距离的最小差重新确定功能元件名称的横坐标最终位置,若否,则功能元件文本文件中的功能元件位置即是功能元件名称的横坐标最终位置;根据功能元件文件中的功能元件位置、功能元件名称的横坐标最终位置确定标注线的位置。本发明使得绘制蛋白质二维结构图快速精确。

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