公开(公告)号：CN112553361A

公开(公告)日：2021-03-26

申请号：CN202011310367.5

申请日：2020-11-20

申请人： 浙江省农业科学院

发明人： 吴新义 ,  李汉美 ,  刘庭付 ,  吴晓花 ,  汪颖 ,  汪宝根 ,  鲁忠富 ,  李国景

IPC分类号： C12Q1/6895 ,  C12Q1/6869 ,  G16B30/00 ,  G16B20/20

摘要： 本发明公开了一种利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP的方法，包括：步骤一、提取样品基因组DNA；步骤二、构建RAD文库，基因组DNA使用EcoRI酶切，利用PCR扩增法富集文库，采用琼脂糖凝胶回收目的条带，单末端进行测序；步骤三、生成原始序列并进行序列质控分析，根据序列相似性将高质量序列聚类生成RAD‑tags，将RAD‑tags聚类分群进行SNP calling，矫正SNP基因型；步骤四、KASP标记开发与SNP基因分型。本发明方法利用基因组测序数据挖掘SNP，不仅可以鉴定出基因表达区域的SNP突变，还可以鉴定出基因内部和基因间等非编码区域的SNP突变，SNP来源更丰富。