公开(公告)号：CN117393033A

公开(公告)日：2024-01-12

申请号：CN202210752309.0

申请日：2022-06-29

申请人： 深圳华大生命科学研究院

发明人： 赵子裕 ,  陈必超 ,  郭斐 ,  李美 ,  黎宇翔

IPC分类号： G16B15/20 ,  G16B30/10 ,  G16B40/00 ,  G06N3/047 ,  G06N3/0464

摘要： 本申请公开了一种蛋白质结构预测方法、装置及电子设备，包括：获取待预测蛋白质样本的多序列比对；将多序列比对转换为输入特征，并将输入特征输入至目标残差卷积网络，得到残基间的几何约束的概率分布；基于残基间的几何约束的概率分布，确定蛋白质结构模型；基于蛋白质结构模型，确定待预测蛋白质样本的蛋白质三维结构。本申请中目标残差卷积网络中的几何约束标签能够满足蛋白质所有残基对之间的距离和角度的约束范围网络能够充分学习输入特征的各个区域的数据与几何约束标签之间的映射关系，从而提升了蛋白质结构预测的准确性。

公开(公告)号：CN119032399A

公开(公告)日：2024-11-26

申请号：CN202280095022.3

申请日：2022-06-29

申请人： 深圳华大生命科学研究院

发明人： 许灿强 ,  陈必超 ,  李美 ,  黎宇翔 ,  张勇 ,  徐讯

IPC分类号： G16B20/30 ,  G06T7/11 ,  G06T11/40 ,  C12Q1/6869

摘要： 一种基因图像数据校正方法、电子设备和介质，该方法包括：获取生物样本的基因图像及显微镜图像；对显微镜图像进行细胞分割以获取细胞分割结果；基于细胞分割结果，将基因图像的每个基因表达特征分别确定为位于细胞内的细胞基因表达特征及位于细胞外的背景基因表达特征；对每个细胞基因表达特征，通过空间位置和基因表达特征的信号值拟合出概率分布模型；基于概率分布模型，确定出针对位于一目标细胞的预设范围内的目标背景基因表达特征属于目标细胞的概率值；根据概率值输出校正结果以进行背景基因表达特征的校正。该方法、电子设备和介质提升了对Stereo‑seq空间转录组等高通量时空组测序数据的校正准确度和校正效率，提升了测序效率。

公开(公告)号：CN117999359A

公开(公告)日：2024-05-07

申请号：CN202180102055.1

申请日：2021-12-03

申请人： 深圳华大生命科学研究院

发明人： 冀珂 ,  陈必超 ,  李美 ,  黎宇翔

IPC分类号： C12Q1/6869

摘要： 一种核酸样本的碱基识别方法及装置。其中，方法包括：获取待测核酸样本对应的目标图像(S202)；从目标图像中提取出待测核酸样本的特征数据(S204)；将待测核酸样本的特征数据输入至网络模型，以利用网络模型对特征数据进行处理，得到待测核酸样本的碱基序列(S206)，其中，网络模型为使用多组训练数据通过机器学习训练得到的，多组训练数据中的每一组训练数据均包括：历史核酸样本的历史特征数据和与历史特征数据对应的碱基序列，特征数据至少包括亮度信息。其解决了相关技术中对核酸样本进行碱基识别的方式比较繁琐，识别精度不高，导致的可靠性较低的技术问题。

公开(公告)号：CN116883308A

公开(公告)日：2023-10-13

申请号：CN202210316284.X

申请日：2022-03-28

申请人： 深圳华大生命科学研究院

发明人： 关飞 ,  钱璞毅 ,  赵倩 ,  廖湘湘 ,  陈必超 ,  李美 ,  彭勇 ,  姜芳芳 ,  关凌耀 ,  岑骞 ,  王博 ,  王韧 ,  黎宇翔

IPC分类号： G06T7/00 ,  G06V10/764 ,  G06V10/774 ,  G06V10/82 ,  G06V20/69 ,  G06N3/0464 ,  G06N3/048 ,  G06N3/084 ,  G06N3/0985

摘要： 本发明公开了一种核酸完整性判定的方法和系统。所述方法包括：1)基于训练集胶图样本的图像获得每个训练集胶图样本的降解程度和每个训练集胶图样本条带区域的主条带位置；2)将所有训练集胶图样本按降解程度和主条带位置进行排序，根据排序对训练集胶图样本进行完整性打分；3)将训练集胶图样本的图像和完整性打分作为训练数据输入对模型进行训练，获得训练后的模型；4)将待测胶图样本的图像输入训练的模型，获得所述待测胶图样本的完整性打分。本发明的方法和系统可以更准确、更加自动化基于胶图进行核酸完整性检测。