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公开(公告)号：CN110564814A
公开(公告)日：2019-12-13
申请号：CN201811552753.8
申请日：2018-12-19
申请人： 西藏大学 , 中国农业科学院棉花研究所
IPC分类号： C12Q1/6811 , C12Q1/6895 , C12N15/11
摘要： 本发明公开了一种基于棉花SSR分子标记筛选藏紫草的特异性SSR标记方法，其包括以下步骤：（1）提取藏紫草根皮部基因组DNA；（2）以第（1）步提取的基因组DNA为模板，选用特异性SSR引物进行PCR扩增；（3）对扩增产物进行凝胶电泳；（4）对电泳结果进行分析，其中所述特异性引物的碱基序列为：SHIN-1494F：TAACGGAGATGGGTTTCGAC；SHIN-1494R：CACAACCGTCCATTTCCTCT。本发明方法重复性好、多态性高、遗传稳定、不受环境条件影响，而且检测结果稳定可靠、快速准确、操作简单方便、成本低廉，有利于大规模的快速检测。
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公开(公告)号：CN110564814B
公开(公告)日：2023-02-17
申请号：CN201811552753.8
申请日：2018-12-19
申请人： 西藏大学 , 中国农业科学院棉花研究所
IPC分类号： C12Q1/6811 , C12Q1/6895 , C12N15/11
摘要： 本发明公开了一种基于棉花SSR分子标记筛选藏紫草的特异性SSR标记方法，其包括以下步骤：（1）提取藏紫草根皮部基因组DNA；（2）以第（1）步提取的基因组DNA为模板，选用特异性SSR引物进行PCR扩增；（3）对扩增产物进行凝胶电泳；（4）对电泳结果进行分析，其中所述特异性引物的碱基序列为：SHIN‑1494F：TAACGGAGATGGGTTTCGAC；SHIN‑1494R：CACAACCGTCCATTTCCTCT。本发明方法重复性好、多态性高、遗传稳定、不受环境条件影响，而且检测结果稳定可靠、快速准确、操作简单方便、成本低廉，有利于大规模的快速检测。
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公开(公告)号：CN115820892B
公开(公告)日：2024-09-24
申请号：CN202210786523.8
申请日：2022-07-04
申请人： 中国农业科学院棉花研究所
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12N15/11 , A01H1/04
摘要： 本发明公开了与陆地棉棉铃重关联的SNP分子标记及其应用，属于分子生物学、生物信息学领域。所述SNP分子标记为如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.3所示核苷酸序列中至少一个。本发明提供的与陆地棉棉铃重关联的SNP分子标记可以用于棉花棉铃重性状的早期预测和筛选。其直接以DNA的形式表现，在棉花的各个组织、各个发育阶段均可检测到，不受季节、环境限制、不存在表达与否等问题；表现为中性，不影响目标性状的表达；SNP适于快速、规模化筛查。基因组筛选中SNPs往往只需+/‑的分析，而不用分析片段的长度，利于发展自动化技术筛选或检测SNPs。
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公开(公告)号：CN118621056A
公开(公告)日：2024-09-10
申请号：CN202410885394.7
申请日：2024-07-03
申请人： 中国农业科学院棉花研究所
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12Q1/6858 , C12N15/11
摘要： 本发明公开了同时与陆地棉棉籽仁油份和蛋白质含量关联的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记为SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.57所示核苷酸序列中至少一种。本发明提供的与陆地棉棉籽仁油份和蛋白质含量相关的SNP分子标记，可用于早期预测和筛选这些性状。这些分子标记以DNA的形式存在，可在棉花的各个组织和发育阶段检测到，不受季节和环境的影响，并且不存在表达与否的问题。这些标记对目标性状的表达没有影响，表现为中性。在基因组筛选中，通常只需进行+/‑的分析，而无需分析片段的长度，这有利于发展自动化技术进行SNP的筛选或检测。验证实验结果表明，本发明筛选的所有SNP位点对陆地棉棉籽仁油份和蛋白质含量性状的变异具有显著影响。
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公开(公告)号：CN115852007A
公开(公告)日：2023-03-28
申请号：CN202210787460.8
申请日：2022-07-04
申请人： 中国农业科学院棉花研究所
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12Q1/6858 , C12Q1/6869 , C12N15/11
摘要： 本发明公开了同时与陆地棉纤维长度、伸长率、马克隆值、强度和铃重性状关联的SNP分子标记及应用，所述SNP分子标记为SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.91任一所示核苷酸序列。本发明提供的同时与陆地棉纤维长度、伸长率、马克隆值、强度和铃重关联的SNP分子标记可以用于棉花上述性状的早期预测和筛选。其直接以DNA的形式表现，在棉花的各个组织、各个发育阶段均可检测到，不受季节、环境限制、不存在表达与否等问题；表现为中性，不影响目标性状的表达；SNP适于快速、规模化筛查。基因组筛选中SNPs往往只需+/‑的分析，而不用分析片段的长度，利于发展自动化技术筛选或检测SNPs。
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公开(公告)号：CN115820892A
公开(公告)日：2023-03-21
申请号：CN202210786523.8
申请日：2022-07-04
申请人： 中国农业科学院棉花研究所
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12N15/11 , A01H1/04
摘要： 本发明公开了与陆地棉棉铃重关联的SNP分子标记及其应用，属于分子生物学、生物信息学领域。所述SNP分子标记为如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.3所示核苷酸序列中至少一个。本发明提供的与陆地棉棉铃重关联的SNP分子标记可以用于棉花棉铃重性状的早期预测和筛选。其直接以DNA的形式表现，在棉花的各个组织、各个发育阶段均可检测到，不受季节、环境限制、不存在表达与否等问题；表现为中性，不影响目标性状的表达；SNP适于快速、规模化筛查。基因组筛选中SNPs往往只需+/‑的分析，而不用分析片段的长度，利于发展自动化技术筛选或检测SNPs。
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公开(公告)号：CN115011730A
公开(公告)日：2022-09-06
申请号：CN202210769028.6
申请日：2022-06-30
申请人： 中国农业科学院棉花研究所
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12Q1/6858 , C12N15/11
摘要： 本发明公开了与陆地棉亚麻酸关联的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记为如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.28所示核苷酸序列中至少一个，所述SNP分子位点于序列第51bp处发生突变。本发明提供的与陆地棉亚麻酸关联的SNP分子标记可以用于棉花亚麻酸性状的早期预测和筛选。其直接以DNA的形式表现，在棉花的各个组织、各个发育阶段均可检测到，不受季节、环境限制、不存在表达与否等问题；表现为中性，不影响目标性状的表达；SNP适于快速、规模化筛查。基因组筛选中SNPs往往只需+/‑的分析，而不用分析片段的长度，利于发展自动化技术筛选或检测SNPs。
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公开(公告)号：CN114959106A
公开(公告)日：2022-08-30
申请号：CN202210769027.1
申请日：2022-06-30
申请人： 中国农业科学院棉花研究所
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12N15/11
摘要： 本发明公开了陆地棉D12号染色体与棕榈油酸关联的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记为如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.27所示核苷酸序列中至少一个。本发明通过对1279份棉花材料进行了2年、1个地点、2个自然环境的种植，并检测分析了这些品种的棕榈油酸。通过IlluminaHiseq测序平台对这1279份棉花品种进行基因组重测序，获得高质量的cleandata，亲本平均测序深度35X，子代平均测序深度4X以上。通过GWAS分析累计2个计算值，获得至少在一个及以上环境中稳定出现的与陆地棉棕榈油酸关联的SNP分子标记27个。本发明不仅可用于棉花棕榈油酸的早期预测和筛选，还可用于高棕榈油酸和低棕榈油酸棉花品种的选育。
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公开(公告)号：CN109997682A
公开(公告)日：2019-07-12
申请号：CN201910337187.7
申请日：2019-04-25
申请人： 中国农业科学院棉花研究所
摘要： 本发明涉及棉花品种培育领域，具体而言，涉及一种杂交聚合棉花优质性状的育种方法，包括以下步骤：以黄河流域主产棉区山东省审定的棉花品种作为母本，两个纤维优质性状的品系作为父本，其中，父本中至少一个为陆海渐渗系或其重组自交系，母本分别与父本杂交，得到F1代；收集F1代植株雄蕊的花粉，并混合，然后对F1代植株授粉转育，收获得到双交聚合F2代；所述F2代连续自交3-10次，筛选得到聚合棉花优质性状的株系。本发明采用特定的多亲本双交的聚合育种，子代中保留了母本的高产的特性，挖掘品种之间的配合力，聚合优质性状与某些株系，缩短了优质品种改良年限，提高了遗传改良效率。
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公开(公告)号：CN110232952B
公开(公告)日：2022-11-18
申请号：CN201811649699.9
申请日：2018-12-30
申请人： 中国农业科学院棉花研究所
IPC分类号： G16B30/10
摘要： 本发明公开了一种批量分析微卫星数据的生物信息学方法。本发明所提供的批量分析微卫星数据的生物信息学方法综合运用了检测微卫星无效等位位点的Cervus、MICRO‑CHECKER软件，计算群体遗传结构的STRUCTURE分析和PCoA分析，以及结合Perl脚本语言编程等方法。实验证明，本发明所提供的批量分析微卫星数据的生物信息学方法全面而系统，去除无效等位位点的微卫星数据更加准确，整个批量处理过程只需要在Windows系统中即可完成，操作简单可行，效率高，准确性好。
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