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公开(公告)号：CN109584956B
公开(公告)日：2021-05-04
申请号：CN201811467986.8
申请日：2018-12-03
Applicant: 青岛欧易生物科技有限公司 , 中国海洋大学 , 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
Abstract: 本发明公开了一种利用IIB型限制性内切酶进行微生物群落鉴定的方法，步骤如下：利用IIB型限制性内切酶对基因组DNA进行酶切；DNA酶切片段连接相应数目种类的接头，然后进行PCR扩增，扩增产物通过再次酶切扩增得到相应数目的DNA文库，将质检合格的DNA文库进行高通量测序；建立“微生物IIB酶切组”数据库，并找到针对物种在不同分类级上的特有序列，建立“微生物IIB酶切特有序列数据库”；对测序获得的序列数据进行质量控制，保留含有酶切特异性位点的25bp‑35bp的碱基片段。本发明的鉴定方法，既能保留宏基因组鸟枪测序优点，又能解决成本问题，且具备处理痕量DNA的能力。
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公开(公告)号：CN109584956A
公开(公告)日：2019-04-05
申请号：CN201811467986.8
申请日：2018-12-03
Applicant: 青岛欧易生物科技有限公司 , 中国海洋大学 , 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
Abstract: 本发明公开了一种利用IIB型限制性内切酶进行微生物群落鉴定的方法，步骤如下：利用IIB型限制性内切酶对基因组DNA进行酶切；DNA酶切片段连接相应数目种类的接头，然后进行PCR扩增，扩增产物通过再次酶切扩增得到相应数目的DNA文库，将质检合格的DNA文库进行高通量测序；建立“微生物IIB酶切组”数据库，并找到针对物种在不同分类级上的特有序列，建立“微生物IIB酶切特有序列数据库”；对测序获得的序列数据进行质量控制，保留含有酶切特异性位点的25bp-35bp的碱基片段。本发明的鉴定方法，既能保留宏基因组鸟枪测序优点，又能解决成本问题，且具备处理痕量DNA的能力。
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公开(公告)号：CN110804666B
公开(公告)日：2022-11-22
申请号：CN201810886793.X
申请日：2018-08-06
Applicant: 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6869 , C12Q1/04
Abstract: 本发明公开了一种基于共生菌群的皮肤亚健康和药物敏感性检测系统,具体地，本发明的检测系统包括：采集模块(1)，检测模块(2)和计算模块(3)。其中，采样模块保证皮肤微生物采样的顺利进行。其次，检测模块包含了可选的两种检测模式，计算模块利用检测结果结合生物信息学手段对皮肤共生菌群进行结构解析，然后利用机器学习方法建立的皮肤疾病诊断模型对皮肤菌群进行打分，得到皮肤微生物健康指数MiSH；从而客观判断当前样本的皮肤健康/亚健康状态，以及皮肤疾病患者对激素治疗的预后情况。本发明可客观定量、操作简单、检测灵敏、快速、具有普适性等优点，是皮肤领域研究中不可或缺的定量化工具。
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公开(公告)号：CN111261222A
公开(公告)日：2020-06-09
申请号：CN201811466702.3
申请日：2018-12-03
Applicant: 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
Abstract: 本发明涉及微生物检测模型领域，具体的说是一种基于单牙位的口腔微生物群落检测模型的构建方法及其应用。本发明包括以下步骤：采用机器学习算法中的随机森林方法构建ST-MIC模型，根据ST-MIC得到每个牙齿的菌群情况及其状态。本发明的模型应用域明确，具有良好的评估效果、稳健性和预测能力。在获得菌群组成信息的基础上，仅通过计算表征单牙位菌群特征，应用所建ST-MIC模型，即能快速高效预测单牙位的状态，明的模型对象采集处理简易、无侵害性、成本低、检测对象相对简单，节省测试所需的大量人力费用和时间，为持久性口腔的状态风险评价和管理提供重要的数据支持，具有重要意义。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN111261222B
公开(公告)日：2023-08-11
申请号：CN201811466702.3
申请日：2018-12-03
Applicant: 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
Abstract: 本发明涉及微生物检测模型领域，具体的说是一种基于单牙位的口腔微生物群落检测模型的构建方法。本发明包括以下步骤：采用机器学习算法中的随机森林方法构建ST‑MIC模型，根据ST‑MIC得到每个牙齿的菌群情况及其状态。本发明的模型应用域明确，具有良好的评估效果、稳健性和预测能力。在获得菌群组成信息的基础上，仅通过计算表征单牙位菌群特征，应用所建ST‑MIC模型，即能快速高效预测单牙位的状态，明的模型对象采集处理简易、无侵害性、成本低、检测对象相对简单，节省测试所需的大量人力费用和时间，为持久性口腔的状态风险评价和管理提供重要的数据支持，具有重要意义。
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公开(公告)号：CN114164260A
公开(公告)日：2022-03-11
申请号：CN202010944455.4
申请日：2020-09-10
Applicant: 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
IPC: C12Q1/6869 , C12Q1/06 , C12Q1/04
Abstract: 本发明涉及环境生态监测领域，具体为一种基于人体条件致病菌的室内微生态环境宜居性检测方法。该检测方法包括采集模块、检测模块和计算模块三部分。采集模块收集待检测环境的菌群样品，并提取其DNA；检测模块以采集模块所提供的样品DNA为原料，进行高通量测序完成菌群检测；计算模块利用检测模块所获得的样品测序数据利用生物信息学手段对样品的菌群结构进行分析计算，得到室内微生态环境指数MiBE，以此判断当前室内环境是否存在致病风险。该方法操作简单、对样品无需过多预处理，检测灵敏、快速，整个处理及检测过程可在数小时以内完成，检测结果对黄种人和白种人都具有普适性，是公共场所室内环境领域研究中不可或缺的新定量化工具。
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公开(公告)号：CN110804666A
公开(公告)日：2020-02-18
申请号：CN201810886793.X
申请日：2018-08-06
Applicant: 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6869 , C12Q1/04
Abstract: 本发明公开了一种基于共生菌群的皮肤亚健康和药物敏感性检测系统,具体地，本发明的检测系统包括：采集模块(1)，检测模块(2)和计算模块(3)。其中，采样模块保证皮肤微生物采样的顺利进行。其次，检测模块包含了可选的两种检测模式，计算模块利用检测结果结合生物信息学手段对皮肤共生菌群进行结构解析，然后利用机器学习方法建立的皮肤疾病诊断模型对皮肤菌群进行打分，得到皮肤微生物健康指数MiSH；从而客观判断当前样本的皮肤健康/亚健康状态，以及皮肤疾病患者对激素治疗的预后情况。本发明可客观定量、操作简单、检测灵敏、快速、具有普适性等优点，是皮肤领域研究中不可或缺的定量化工具。
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公开(公告)号：CN114078568B
公开(公告)日：2022-07-05
申请号：CN202011355328.7
申请日：2020-11-27
Applicant: 青岛欧易生物科技有限公司 , 中国海洋大学
Abstract: 本发明公开了一种基于IIB(2B)型限制性内切酶特征的宏基因组测序数据处理系统，包括：数据预处理模块、定性模块、定量模块和多酶切结果定性/定量合并模块。通过本发明的处理系统可对基于唯一标签的“两步定量法”对具有IIB型限制性内切酶特征的宏基因组测序数据进行分析处理，其具有检测速度快、成本低、假阳性率低、准确率高和分辨率高的特点，为该技术在微生物检测领域打下基础。本发明还公开了基于IIB型限制性内切酶特征的宏基因组测序数据处理方法。本发明所述方法和系统能以低成本、高分辨率实现同时对细菌和真菌等微生物的鉴定和获得相对含量信息，填补目前该技术在微生物简化基因组检测领域上的空白。
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公开(公告)号：CN114078568A
公开(公告)日：2022-02-22
申请号：CN202011355328.7
申请日：2020-11-27
Applicant: 青岛欧易生物科技有限公司 , 中国海洋大学
Abstract: 本发明公开了一种基于IIB(2B)型限制性内切酶特征的宏基因组测序数据处理系统，包括：数据预处理模块、定性模块、定量模块和多酶切结果定性/定量合并模块。通过本发明的处理系统可对基于唯一标签的“两步定量法”对具有IIB型限制性内切酶特征的宏基因组测序数据进行分析处理，其具有检测速度快、成本低、假阳性率低、准确率高和分辨率高的特点，为该技术在微生物检测领域打下基础。本发明还公开了基于IIB型限制性内切酶特征的宏基因组测序数据处理方法。本发明所述方法和系统能以低成本、高分辨率实现同时对细菌和真菌等微生物的鉴定和获得相对含量信息，填补目前该技术在微生物简化基因组检测领域上的空白。
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