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公开(公告)号：JP2017077244A
公开(公告)日：2017-04-27
申请号：JP2016233191
申请日：2016-11-30
申请人： ファウンデーション メディシン インコーポレイテッドFoundation Medicine, Inc. , Foundation Medicine Inc , ファウンデーション メディシン インコーポレイテッドFoundation Medicine, Inc.
发明人： SEAN R DOWNING , MIRNA JAROSZ , DORON LIPSON , GEOFFREY ALAN OTTO , ALEXANDER N PARKER , MIKHAIL G SHAPIRO , PHILIP JAMES STEPHENS , ROMAN YELENSKY
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q1/6874 , C12Q1/6886 , G06F19/18 , G06F19/22 , C12Q2537/143 , C12Q2537/149
摘要： 【課題】腫瘍試料由来の核酸を分析するために最適化された方法、例えば、統合された最適化核酸選択、読み取りアライメント、および変異呼び出しを有する方法の提供。【解決手段】(a)から(e)を含む、腫瘍試料を分析する方法。(a)複数の腫瘍メンバーを含むライブラリを腫瘍試料から取得することと、(b)前記ライブラリを複数のベイトセットと接触させて選択されたメンバーを提供し、それによって、ライブラリ捕獲物を提供することと、(c)サブゲノム間隔についての読み取りを前記ライブラリまたはライブラリ捕獲物からの腫瘍メンバーから取得することと、(d)前記読み取りをアライメントすることと、(e)事前選択されたヌクレオチド位置に対する前記読み取りからのヌクレオチド値を複数のサブゲノム間隔のそれぞれにおいて割り当てること【選択図】図1A
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公开(公告)号：JP2021166532A
公开(公告)日：2021-10-21
申请号：JP2021106868
申请日：2021-06-28
发明人： オットー,ジェフリー・アラン , ナハス,ミッシェル , リプソン,ドロン
IPC分类号： C40B40/06 , C12Q1/6874 , G01N33/53 , C12Q1/6886
摘要： 【課題】腫瘍試料からの核酸を分析するための最適化された方法を提供する。 【解決手段】対象における、対象区間、例えばサブゲノム区間または発現サブゲノム区間(またはそれを含有する細胞)のクローンプロファイルを評価または提供する方法であって、(a)各メンバーが前記対象からの核酸を含む複数のメンバー、例えば固形腫瘍または血液悪性腫瘍(または前悪性腫瘍)試料からの複数の腫瘍メンバー、を含む核酸ライブラリを得て;(b)それぞれが前記対象区間を含む複数の選択メンバーまたはその一部を提供するために、前記ライブラリをベイトセットと接触させ;(c)例えば、前記対象区間の増幅配列を提供するために、前記複数の選択メンバーの各メンバーを増幅してもよく;(d)前記対象区間の1回以上の出現の配列を得て、それによって前記対象区間のクローンプロファイルを提供または評価することを含む方法である。 【選択図】図1A
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公开(公告)号：JP2019513695A
公开(公告)日：2019-05-30
申请号：JP2018545157
申请日：2017-02-27
发明人： ブルゴン, リチャード , ファブリツィオ, デーヴィッド , フィーネ, グレッグ , フランプトン, ギャレット エム. , ヘッジ, プリティ , マリアザサン, サンジーヴ , スティーヴンズ, フィリップ ジェー. , サン, ジェームズ シン , イエレンスキー, ローマン
IPC分类号： G01N33/50 , A61K39/395 , A61K45/06 , A61P13/10 , A61P35/00 , A61P35/04 , A61P43/00 , A61K45/00
摘要： 本発明は、がん、例えば膀胱癌のための治療方法及び診断方法、ならびに組成物を提供する。本発明は、膀胱癌を治療する方法、膀胱癌に罹患している患者がPD−L1軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いかどうかを判定する方法、膀胱癌に罹患している患者のPD−L1軸結合アンタゴニストを含む治療に対する応答性を予測する方法、及び本発明の遺伝子の体細胞変異レベル(例えば、該患者から得られた腫瘍試料中の体細胞変異レベル)に基づいて膀胱癌に罹患している患者のための療法を選択する方法を提供する。 【選択図】なし
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公开(公告)号：JP2019512218A
公开(公告)日：2019-05-16
申请号：JP2018545162
申请日：2017-02-27
发明人： チャルマース, ザカリー アール. , コネリー, ケイトリン エフ. , ファブリツィオ, デーヴィッド , フランプトン, ギャレット マイケル , ヘッジ, プリティ , コワネッツ, マルチン , スティーヴンズ, フィリップ ジェー. , サン, ジェームズ シン , イエレンスキー, ローマン
摘要： 対象からの試料、例えば、腫瘍試料または腫瘍由来の試料中の腫瘍変異負荷を評価する方法が開示される。 【選択図】図7A
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公开(公告)号：JP2020100641A
公开(公告)日：2020-07-02
申请号：JP2020030449
申请日：2020-02-26
发明人： フランプトン,ギャレット・ミッシェル , イエリンスキー,ロマン , サン,ジェームズ・シン , ジョンソン,ダグラス・バックナー , ロブリー,クリスティーン・マリエ , ソスマン,ジェフリー・アラン
IPC分类号： A61P17/00 , A61P35/00 , A61P43/00 , A61K35/768 , A61K38/21 , A61K38/20 , A61K31/4164 , A61K31/4188 , A61K31/4523 , A61K31/437 , A61K47/60 , A61K35/17 , A61K39/395 , A61K39/00 , C12N15/10 , C12Q1/6869 , C12Q1/6886 , A61K45/00
摘要： 【課題】癌、例えばメラノーマを治療するための方法の提供。 【解決手段】(a)PD−1又はPD−L1のインヒビターを含む療法に対する患者の応答状態の値を得、ここで、応答状態の値は対象からのメラノーマサンプル又はメラノーマ由来サンプルにおける腫瘍突然変異荷重(TMB)の尺度を含み、(b)応答状態の値の増加、例えば、応答状態の基準値と比較した場合のその増加に応じて、PD−1又はPD−L1のインヒビターを患者に投与することにより治療する方法。 【選択図】図1A
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公开(公告)号：JP2019535237A
公开(公告)日：2019-12-12
申请号：JP2019518425
申请日：2017-10-06
发明人： シェイムズ, デーヴィッド , ファブリツィオ, デーヴィッド , フランプトン, ギャレット エム. , ヘッジ, プリティ , コワネッツ, マルチン , スティーヴンズ, フィリップ ジェー. , サン, ジェームズ シン , イェレンスキー, ロマン , ツォウ, ウェイ
IPC分类号： A61K45/00 , A61K39/395 , A61P35/00 , A61P35/02 , C12Q1/68 , C12Q1/6851 , C12Q1/686 , C12Q1/6841 , C12Q1/6837 , G01N33/50 , G01N33/574 , G01N33/53 , G01N33/68 , C12Q1/6869
摘要： 本発明は、がん、例えば、肺癌(例えば、NSCLC)、膀胱癌(例えば、UC)、腎臓癌(例えば、RCC)、乳癌(例えば、TNBC)、または黒色腫のための治療方法及び診断方法ならびに組成物を提供する。本発明は、がん(例えば、肺癌(例えば、NSCLC)、膀胱癌(例えば、UC)、腎臓癌(例えば、RCC)、乳癌(例えば、TNBC)、または黒色腫)を治療する方法、がん(例えば、肺癌(例えば、NSCLC)、膀胱癌(例えば、UC)、腎臓癌(例えば、RCC)、乳癌(例えば、TNBC)、または黒色腫)に罹患している患者がPD−L1軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があるかを決定する方法、がん(例えば、肺癌(例えば、NSCLC)、膀胱癌(例えば、UC)、腎臓癌(例えば、RCC)、乳癌(例えば、TNBC)、または黒色腫)に罹患している患者の、PD−L1軸結合アンタゴニストを含む治療に対する応答性を予測する方法、及び単独で、またはPD−L1発現レベル(例えば、患者から得られる腫瘍試料(腫瘍領域)中の腫瘍細胞内もしくは腫瘍浸潤性免疫細胞内のPD−L1発現レベル)との組み合わせで、患者から得られる腫瘍組織試料中の遺伝子の体細胞変異レベルを反映する組織腫瘍変異負荷(tTMB)スコアに基づいて、がん(例えば、肺癌(例えば、NSCLC)、膀胱癌(例えば、UC)、腎臓癌(例えば、RCC)、乳癌(例えば、TNBC)、または黒色腫)に罹患している患者の治療法を選択する方法を提供する。 【選択図】なし
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公开(公告)号：JP2019509282A
公开(公告)日：2019-04-04
申请号：JP2018545212
申请日：2017-02-27
发明人： フランプトン,ギャレット・ミッシェル , イエリンスキー,ロマン , サン,ジェームズ・シン , ジョンソン,ダグラス・バックナー , ロブリー,クリスティーン・マリエ , ソスマン,ジェフリー・アラン
IPC分类号： C12Q1/6886 , C12N15/10 , C12Q1/6869 , A61P35/00 , A61P17/00 , A61P43/00 , A61K31/4164 , A61K31/4188 , A61K38/20 , A61K38/21 , A61K39/395 , A61K35/76 , A61K35/17 , A61K31/437 , A61K31/506 , A61K31/4523 , A61K45/00
摘要： 癌、例えばメラノーマを治療するための方法および組成物を開示する。 【選択図】図1A
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公开(公告)号：JP2021526825A
公开(公告)日：2021-10-11
申请号：JP2020568719
申请日：2019-06-11
发明人： オットー, ジェフリー アラン , クラーク, トラヴィス , リプソン, ドロン , リーバー, ダニエル , ファブリツィオ, デーヴィッド
IPC分类号： C12Q1/6844 , C12Q1/6886 , C12Q1/6827 , C12Q1/6869
摘要： 標的捕捉および配列決定を用いてcfDNAまたはctDNA患者試料中のゲノム変化を評価する組成物および方法が開示される。 【選択図】なし
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公开(公告)号：JP2020527351A
公开(公告)日：2020-09-10
申请号：JP2020502304
申请日：2018-07-20
发明人： カミングス, クレイグ アンソニー , リー, ヤン , ポール, サラ マーガレット , シュレイフマン, エリカ ベス , シェイムズ, デーヴィッド , ファブリツィオ, デーヴィッド , リーバー, ダニエル , オットー, ジェフリー アラン , ケネディー, マーク , クラーク, トラヴィス , リプソン, ドロン , ホー, チエ , チョン, シャン
IPC分类号： A61K45/00 , A61P35/00 , A61P35/02 , A61P43/00 , A61K39/395 , A61K38/17 , A61K47/68 , A61K45/06 , G01N33/50 , C12Q1/6874
摘要： 本発明は、がんの治療、診断、及び予後方法を提供する。本発明は、個体由来の試料(例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ)からの血中腫瘍変異量(bTMB)スコアまたは最大体細胞対立遺伝子頻度(MSAF)に基づいて、がんを治療する方法、がんを有する個体が免疫チェックポイント阻害剤(例えば、PD−L1軸結合アンタゴニスト)を含む治療に応答する可能性があるかを決定する方法、免疫チェックポイント阻害剤(例えば、PD−L1軸結合アンタゴニスト)を含む治療に対するがんを有する個体の応答性を予測する方法、がんを有する個体のための療法を選択する方法、がんを有する個体の予後を提供する方法、及びがんを有する個体の応答を監視する方法を提供する。 【選択図】なし
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公开(公告)号：JP2018134083A
公开(公告)日：2018-08-30
申请号：JP2018071022
申请日：2018-04-02
发明人： ダウニング,シーン,アール , ヤロス,ミルナ , リプソン,ドロン , オツトー,ジエフリー,アラン , パーカー,アレクサンダー,エヌ , シヤピロ,ミカイル,ジー , ステイーブンス,フイリツプ,ジエイムズ , イエレンスキー,ロマン
IPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q1/6869 , C12N15/10 , G01N33/50 , C12Q1/6886
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q1/6874 , C12Q1/6886 , G06F19/18 , G06F19/22 , C12Q2537/143 , C12Q2537/149
摘要： 【課題】腫瘍試料における多重遺伝子分析の最適化方法の提供。 【解決手段】複数の腫瘍メンバーを含むライブラリを試料から取得すること、ライブラリをベイトセットと接触させて選択されたメンバーを単離すること、サブゲノム間隔についての読み取りを選択されたメンバーから取得すること、読み取りをアライメントすること、および事前選択されたヌクレオチド位置に対する読み取りからのヌクレオチド値を割り当てる(例えば、変異を呼び出す)ことを含む。 【選択図】図1A
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