公开(公告)号：JP6400746B2

公开(公告)日：2018-10-03

申请号：JP2017000264

申请日：2017-01-04

申请人： ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア

发明人： ヴァスク チャールズ ジェイ ,  ベンツ スティーブン シー ,  スチュアート ジョシュア エム ,  ハウスラー ディヴィッド

IPC分类号： G06F19/12

CPC分类号： G06F19/12 ,  G06F19/20 ,  G06F19/24 ,  Y02A90/26

公开(公告)号：JP6373827B2

公开(公告)日：2018-08-15

申请号：JP2015512060

申请日：2013-05-16

申请人： エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲー ,  F. HOFFMANN−LA ROCHE AKTIENGESELLSCHAFT

发明人： チェン,イー−ジュイ ,  ウォン,チウ・タイ・エイ

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12N15/09 ,  G06F19/12

CPC分类号： G06F19/12 ,  G06F19/20 ,  G06F19/22 ,  G06F19/24

公开(公告)号：JPWO2017013802A1

公开(公告)日：2018-04-26

申请号：JP2017529426

申请日：2015-07-23

申请人： 富士通株式会社

发明人： 谷田 義明

IPC分类号： G06F19/12 ,  G06F19/16

CPC分类号： G06F19/16 ,  G06F19/12

摘要： コンピュータを用いた、結合計算対象分子と標的分子との結合自由エネルギーの算出方法であって、前記結合計算対象分子と前記標的分子との間に距離拘束ポテンシャルを付加する工程を複数含み、前記複数の工程における前記結合計算対象分子のアンカー点が同じアンカー点であり、かつ前記複数の工程における前記標的分子のアンカー点が異なるアンカー点である、結合自由エネルギーの算出方法である。

公开(公告)号：JPWO2016103336A1

公开(公告)日：2017-09-28

申请号：JP2016565634

申请日：2014-12-24

申请人： 富士通株式会社

发明人： 佐藤　博之 ,  博之 佐藤

IPC分类号： G06F19/12

CPC分类号： G06F19/701 ,  G06F19/12 ,  G06F19/16

摘要： 計算機を用いて、標的分子と、複数の薬候補分子の各々との相互作用エネルギーの各々を算出する、相互作用エネルギーの算出方法であって、前記標的分子と、前記複数の薬候補分子の各々との前記相互作用エネルギーの少なくともいずれかに影響を与えるが、前記標的分子と、前記複数の薬候補分子の各々との前記相互作用エネルギーの全てには影響を与えない計算対象水分子を抽出する工程と、前記相互作用エネルギーの各々の算出において陽に扱う水分子として前記計算対象水分子のみを考慮し、かつ、前記計算対象水分子が影響を与える相互作用エネルギーの算出においてのみ前記計算対象水分子を考慮して、前記標的分子と、前記複数の薬候補分子の各々との前記相互作用エネルギーの各々を算出する工程と、を含む相互作用エネルギーの算出方法である。

公开(公告)号：JP6138767B2

公开(公告)日：2017-05-31

申请号：JP2014514106

申请日：2012-06-11

申请人： フィリップ モリス プロダクツ エス アー

发明人： ヘンク, ユリア ,  マルティン, フロリアン ,  パイチ, マヌエル ,  セーヴェル, アラン

IPC分类号： G06F19/12

CPC分类号： G06F19/3437 ,  G06F19/12 ,  G06F19/24 ,  G06N5/02 ,  G06N7/005 ,  G06N7/06 ,  G16H50/50

公开(公告)号：JP2017054499A

公开(公告)日：2017-03-16

申请号：JP2016159152

申请日：2016-08-15

申请人： コリア インスティテュート オブ サイエンス アンド テクノロジー インフォメーション

发明人： ユ,ソク ジョン

IPC分类号： G06F19/12

CPC分类号： G06F19/12

摘要： 【課題】 本発明は、細胞のライフサイクルに対する細胞内の様々な反応に対してシミュレーションすることを提案する。 【解決手段】 本発明は、細胞モデルを生成するための細胞に関連した情報を含むデータベースと、前記データベースから前記細胞に関連した情報を受け取って細胞モデルを生成するモデル生成モジュールと、前記データベースから前記細胞に関連した情報を受け取って、タンパク質定量化のための数値モデルを構成する発現体モジュールと、前記形成された細胞モデル内の細胞反応を少なくとも1つのコンピュータに割り当ててシミュレーションするシミュレーションモジュールとを備えることで達成する。 【選択図】図2

公开(公告)号：JP2016511884A

公开(公告)日：2016-04-21

申请号：JP2015556112

申请日：2014-01-29

申请人： コデクシス, インコーポレイテッド ,  コデクシス, インコーポレイテッド

发明人： グレゴリー アラン コープ， ,  グレゴリー アラン コープ，

IPC分类号： G06F19/12 ,  G01N33/15 ,  G01N33/50

CPC分类号： C12N15/1058 ,  C40B50/02 ,  G06F19/12 ,  G06F19/16 ,  G06F19/18 ,  G06F19/701

摘要： 本発明は、生物学的に関係するデータ空間を迅速かつ効率的に検索する方法を提供する。より具体的には、本発明は、複雑な生体分子ライブラリーまたはこのようなライブラリーのセットから、所望の特性を有する、あるいはこのような特性の取得に最も適した生体分子を同定する方法を提供する。本発明は、また、段階的加算または減算技法、ベイジアン回帰、アンサンブル回帰および他の方法が挙げられるがこれらに限定されない、配列−活性の関係性をモデリングする方法を提供する。本発明は、本明細書に提供される方法を行うためのデジタルシステムおよびソフトウェアをさらに提供する。

摘要翻译： 本发明提供了用于搜索生物相关快速和有效地数据空间的方法。 更具体地，本发明提供了一种识别一组复杂的生物分子库或此种文库，将具有所需特性的方法，或最合适的生物分子采集这样的性质的 提供。 本发明还逐渐加入或减法技术，贝叶斯回归，包括但合奏回归和其它方法不限于，序列 - 提供用于建模的活性之间的关系的方法。 本发明进一步提供了用于执行在此提供的方法的一个数字系统和软件。

公开(公告)号：JP2016048485A

公开(公告)日：2016-04-07

申请号：JP2014173382

申请日：2014-08-28

申请人： 国立研究開発法人産業技術総合研究所

发明人： 堀本 勝久 ,  福井 一彦

IPC分类号： C12M1/00 ,  C12M1/34 ,  C12Q1/68 ,  G06F19/12 ,  G06F19/20

摘要： 【課題】ノイズの影響を受けにくいシグネチャ遺伝子及びパスウェイの探索技術を提供する。 【解決手段】既知のパスウェイの情報を記憶したパスウェイDB10と、複数のサンプルの網羅的発現情報を入力する入力部11と、サンプルの網羅的発現情報から既知のパスウェイを構成する遺伝子の発現情報を抽出し、複数のサンプルのパスウェイ固有の発現情報を生成するパスウェイ固有遺伝子発現情報生成部14と、パスウェイ固有の遺伝子発現情報に基づいて複数のサンプルを2つの群にクラスタリングするクラスタリング部15と、複数のサンプルが表現型に関する情報に応じて所定の閾値以上の精度で2つの群に分類されたか否かを判定して表現型に特異的なパスウェイを抽出するパスウェイ適合性判定部16と、求めたパスウェイに含まれる遺伝子の中からシグネチャ遺伝子を抽出するシグネチャ遺伝子抽出部17とを備える。 【選択図】図1

摘要翻译： 要解决的问题：提供难以被噪声影响的路径的签名基因和搜索技术。解决方案：基因表达信息分析仪包括：存储已知途径的信息的路径DB10; 输入部11，其输入多个样本的综合表达信息; 路径内在基因表达信息生成部14，从样本的综合表达信息中提取构成已知途径的基因的表达信息，生成多个样本的路径固有表达信息; 基于路径固有基因表达信息将多个样本聚类成两组的聚类部分15; 路径适应性确定部分16，其确定多个样本是否以对应于关于表型的信息的预定阈值或更高的准确度分类为两组，并提取对该表型特异性的途径; 以及从获得的途径中包含的基因中提取签名基因的签名基因提取部分17

公开(公告)号：JP2015184829A

公开(公告)日：2015-10-22

申请号：JP2014059133

申请日：2014-03-20

申请人： 国立研究開発法人科学技術振興機構

发明人： 青野 真士 ,  若林 正光

IPC分类号： G06F19/12

摘要： 【課題】高速かつ効率的に物質推定を行う。 【解決手段】出発物質を構成する複数のユニットにおける複数のサブユニットと、当該サブユニットと結合して相補的対を形成する可能性がある当該ユニット又は他のユニットにおけるサブユニットとの全ての組み合わせにおいて、相補的対を形成することを示す真スロット及び当該相補的対を形成しないことを示す偽スロットの何れかを、予め規定したバウンスバック規則との適合性に基づいて選択し、上記組み合わせ毎に選択した真スロット又は偽スロットに基づいて生成物質又は合成経路を推定することを特徴とする。 【選択図】図1

摘要翻译： 要解决的问题：快速有效地估计材料。解决方案：材料搜索系统被配置为：在形成出发材料的多个单元中的多个子单元的组合和单元中的子单元或其他单元中的子单元具有 基于与反弹的兼容性来选择通过与子单元耦合形成互补对的可能性，指示互补对的实际时隙中的任何一个以及指示互补对未形成的假槽 基于为每个组合选择的实际时隙或假时隙来估计生成的材料或合成路径。

公开(公告)号：JP2014012012A

公开(公告)日：2014-01-23

申请号：JP2013169159

申请日：2013-08-16

申请人： Genego Inc ,  ゲネゴ, インク.

发明人： BUGRIM ANDREI ,  NIKOISKAYA TATIANA ,  MARKOV ALEKSANDER

IPC分类号： C12N15/09 ,  C12N9/24 ,  C12Q1/34 ,  G06F19/12 ,  G06F19/22 ,  G06F19/28 ,  G06N3/00 ,  H04B20060101

CPC分类号： G06F19/12 ,  G06F19/18 ,  G06F19/22 ,  G06F19/28

摘要： PROBLEM TO BE SOLVED: To provide methods of integrating sequence data, clinical data, experimental data, and literature into functional models of disease pathways by using methods of system reconstruction.SOLUTION: A method for reconstructing metabolism of an organism comprises: (a) collecting data regarding the organism's metabolism; (b) linking the data into metabolic pathways; (c) identifying interconnections between the metabolic pathways; (d) creating a map of the organism's metabolism by integrating information obtained in the steps (a), (b) and (c).

摘要翻译： 要解决的问题：提供使用系统重建方法将序列数据，临床数据，实验数据和文献整合到疾病途径的功能模型中的方法。解决方案：重建生物代谢的方法包括：（a）收集 关于生物代谢的数据; （b）将数据连接到代谢途径中; （c）识别代谢途径之间的互连; （d）通过整合在步骤（a），（b）和（c）中获得的信息来产生生物体新陈代谢图。