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    Methods to increase nucleotide signals by Raman scattering
    41.
    发明授权
    Methods to increase nucleotide signals by Raman scattering 有权
    通过拉曼散射增加核苷酸信号的方法

    公开(公告)号：US07238477B2

    公开(公告)日：2007-07-03

    申请号：US10660902

    申请日：2003-09-12

    申请人： Xing Su ,  Andrew A. Berlin ,  Selena Chan ,  Steven J. Kirch ,  Tac-Woong Koo ,  Gabi Neubauer ,  Valluri Rao ,  Narayanan Sundararajan ,  Mineo Yamakawa

    发明人： Xing Su ,  Andrew A. Berlin ,  Selena Chan ,  Steven J. Kirch ,  Tac-Woong Koo ,  Gabi Neubauer ,  Valluri Rao ,  Narayanan Sundararajan ,  Mineo Yamakawa

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C07H21/02 ,  G01N21/63

    CPC分类号： C12Q1/6869 ,  C12Q2565/632 ,  C12Q2563/155 ,  C12Q2521/319

    摘要： The methods and apparatus disclosed herein concern nucleic acid sequencing by enhanced Raman spectroscopy. In certain embodiments of the invention, nucleotides are covalently attached to Raman labels before incorporation into a nucleic acid. In other embodiments, unlabeled nucleic acids are used. Exonuclease treatment of the nucleic acid results in the release of labeled or unlabeled nucleotides that are detected by Raman spectroscopy. In alternative embodiments of the invention, nucleotides released from a nucleic acid by exonuclease treatment are covalently cross-linked to nanoparticles and detected by surface enhanced Raman spectroscopy (SERS), surface enhanced resonance Raman spectroscopy (SERRS) and/or coherent anti-Stokes Raman spectroscopy (CARS). Other embodiments of the invention concern apparatus for nucleic acid sequencing.

    摘要翻译： 本文公开的方法和装置涉及通过增强拉曼光谱进行的核酸测序。 在本发明的某些实施方案中，在掺入核酸之前，核苷酸与拉曼标记物共价连接。 在其它实施方案中，使用未标记的核酸。 核酸外切核酸处理导致通过拉曼光谱法检测的标记或未标记的核苷酸的释放。 在本发明的替代实施方案中，通过外切核酸酶处理从核酸释放的核苷酸与纳米颗粒共价交联，并通过表面增强拉曼光谱（SERS），表面增强共振拉曼光谱（SERRS）和/或相干反斯托克斯拉曼 光谱学（CARS）。 本发明的其它实施方案涉及用于核酸测序的装置。

    Polymer sequencing using selectively labeled monomers and data integration
    42.
    发明申请
    Polymer sequencing using selectively labeled monomers and data integration 审中-公开
    使用选择性标记的单体和数据整合的聚合物测序

    公开(公告)号：US20050186576A1

    公开(公告)日：2005-08-25

    申请号：US10782014

    申请日：2004-02-19

    申请人： Selena Chan ,  Xing Su ,  Andrew Berlin ,  Tae-Woong Koo

    发明人： Selena Chan ,  Xing Su ,  Andrew Berlin ,  Tae-Woong Koo

    IPC分类号： B01L3/00 ,  C12Q1/68 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50

    CPC分类号： B82Y5/00 ,  B01L3/5027 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q2565/629 ,  C12Q2527/113 ,  C12Q2521/319 ,  C12Q2565/631 ,  C12Q2565/601

    摘要： Methods and apparatuses for sequencing single polymer molecules, such as a nucleic acid strand, are discussed. A discussed method comprises dividing a polymer sample into a number of polymer subsamples equal to the number of different monomer types and partially labeling only one of the monomer types in each polymer subsample. The method may further comprise placing a subsample into a reaction chamber, sequentially separating each monomer from the polymer subsample, and detecting the labels of each separated labeled monomer as a function of time. The time between each labeled monomer may be used to construct a monomer-time map for each polymer sub-sample using overlapping data analysis and frequency analysis. Time maps may then be assembled/aligned into a polymer sequence from the monomer-time maps of each of the polymer subsamples using non-overlapping data analysis.

    摘要翻译： 讨论了用于测序单一聚合物分子（例如核酸链）的方法和装置。 所讨论的方法包括将聚合物样品分成等于不同单体类型的数量的多个聚合物子样品，并且在每个聚合物子样品中仅部分地标记单体类型之一。 该方法还可以包括将子样品放入反应室中，顺序地从聚合物子样品中分离每个单体，并检测每个分离的标记单体的标记作为时间的函数。 每个标记的单体之间的时间可以用于使用重叠的数据分析和频率分析来构建每个聚合物子样品的单体时间图。 然后可以使用不重叠的数据分析，从每个聚合物子样品的单体时间图，将时间图组装/排列成聚合物序列。

    Chemical enhancement in surface enhanced raman scattering using lithium salts
    45.
    发明授权
    Chemical enhancement in surface enhanced raman scattering using lithium salts 失效
    使用锂盐的表面增强拉曼散射的化学增强

    公开(公告)号：US07019828B2

    公开(公告)日：2006-03-28

    申请号：US10387080

    申请日：2003-03-12

    申请人： Xing Su ,  Lei Sun ,  Tae-Woong Koo ,  Selena Chan

    发明人： Xing Su ,  Lei Sun ,  Tae-Woong Koo ,  Selena Chan

    IPC分类号： G01J3/44

    CPC分类号： G01N21/658 ,  B82Y10/00 ,  B82Y20/00

    摘要： Briefly, in accordance with one embodiment of the invention, the intensity of the signals from surface enhanced Raman spectroscopy may be increased by using lithium chloride as an enhancer to activate a metallic structure used for surface enhanced Raman spectroscopy. The increased signal intensity may allow surface enhanced Raman spectroscopy to be utilized to detect individual analytes such as nucleotides, for example in DNA sequencing without requiring a dye or radioactive label.

    摘要翻译： 简而言之，根据本发明的一个实施例，可以通过使用氯化锂作为增强剂激活用于表面增强拉曼光谱的金属结构来增加来自表面增强拉曼光谱的信号的强度。 增加的信号强度可以允许使用表面增强拉曼光谱来检测单个分析物例如核苷酸，例如在DNA测序中，而不需要染料或放射性标记。

    Biomolecule analysis using Raman surface scanning
    48.
    发明申请
    Biomolecule analysis using Raman surface scanning 审中-公开
    使用拉曼表面扫描的生物分子分析

    公开(公告)号：US20060046311A1

    公开(公告)日：2006-03-02

    申请号：US10927996

    申请日：2004-08-26

    申请人： Lei Sun ,  Xing Su ,  Tae-Woong Koo ,  Selena Chan

    发明人： Lei Sun ,  Xing Su ,  Tae-Woong Koo ,  Selena Chan

    IPC分类号： G01N33/543

    CPC分类号： G01N33/58 ,  G01N33/54366 ,  G01N33/54373

    摘要： Methods and apparatus are provided herein for assaying biological samples using probes labeled with composite organic-inorganic nanoparticles (COINs) and microspheres with COINs embedded within a polymer matrix to which the probe moiety is attached. COINs are Raman-active nanoparticles made up of aggregated primary metal crystal particles with Raman-active organic compounds adsorbed on the surface in the junctions of aggregated primary metal crystal particles or embedded in the crystal lattice of the primary metal particles. Since COINs intrinsically produce SERS signals upon laser irradiation, COIN-labeled probes are particularly suitable in a variety of methods for assaying biological molecules, most of which are not inherently Raman-active. The invention provides variations of the sandwich immunoassay employing both specific and degenerate binding, methods for reverse phase assay of tissue samples and cell microstructures, in solution displacement and competition assays, and the like. Kits and chips useful for practicing the invention assays are also provided.

    摘要翻译： 本文提供了用于使用用复合有机 - 无机纳米颗粒（COIN）标记的探针和具有嵌入探针部分所连接的聚合物基质内的COIN的微球来测定生物样品的方法和装置。 COIN是由聚集的初级金属晶体颗粒组成的拉曼活性纳米颗粒，其中拉曼活性有机化合物吸附在聚集的初级金属晶体颗粒的接合处的表面上或嵌入在一次金属颗粒的晶格中。 由于COIN在激光照射下固有地产生SERS信号，所以COIN标记的探针特别适用于分析生物分子的多种方法，其中大部分不是固有的拉曼活性的。 本发明提供使用特异性和简并结合的夹心免疫测定的变体，组织样品和细胞微结构的反相测定方法，溶液置换和竞争测定等。 还提供了可用于实施本发明测定的试剂盒和碎片。