公开(公告)号：US20120115735A1

公开(公告)日：2012-05-10

申请号：US13060453

申请日：2009-09-03

申请人： Bert Vogelstein ,  Kenneth W. Kinzler ,  D. Williams Parsons ,  Sian Jones ,  Xiaosong Zhang ,  Jimmy Cheng-Ho Lin ,  Rebecca J. Leary ,  Philipp Angenendt ,  Nickolas Papadopoulos ,  Victor Velculescu ,  Giovanni Parmigiani ,  Rachel Karchin ,  Scott Kern ,  Ralph Hruban ,  James R. Eshleman ,  Michael Goggins ,  Alison Klein

发明人： Bert Vogelstein ,  Kenneth W. Kinzler ,  D. Williams Parsons ,  Sian Jones ,  Xiaosong Zhang ,  Jimmy Cheng-Ho Lin ,  Rebecca J. Leary ,  Philipp Angenendt ,  Nickolas Papadopoulos ,  Victor Velculescu ,  Giovanni Parmigiani ,  Rachel Karchin ,  Scott Kern ,  Ralph Hruban ,  James R. Eshleman ,  Michael Goggins ,  Alison Klein

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C40B20/00 ,  C07H21/04

CPC分类号： G01N33/57438 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/156 ,  G01N2800/50

摘要： There are currently few therapeutic options for patients with pancreatic cancers and new insights into the pathogenesis of this lethal disease are urgently needed. To this end, we performed a comprehensive analysis of the genes altered in 24 pancreatic tumors. First, we determined the sequences of 23,781 transcripts, representing 20,583 protein-encoding genes, in DNA from these tumors. Second, we searched for homozygous deletions and amplifications using microarrays querying ˜one million single nucleotide polymorphisms in each sample. Third, we analyzed the transcriptomes of the same samples using SAGE and next-generation sequencing-by-synthesis technologies. We found that pancreatic cancers contain an average of 63 genetic alterations, of which 49 are point mutations, 8 are homozygous deletions, and 6 are amplifications. Further analyses revealed a core set of 12 regulatory processes or pathways that were each genetically altered in 70% to 100% of the samples. The data suggest that dysregulation of this core set of pathways is responsible for the major features of pancreatic tumorigenesis.

摘要翻译： 目前对胰腺癌患者几乎没有治疗选择，迫切需要对这种致死性疾病的发病机理的新见解。 为此，我们对24个胰腺肿瘤中改变的基因进行了综合分析。 首先，我们从这些肿瘤的DNA中确定了23,781个转录本，代表20,583个蛋白质编码基因的序列。 第二，我们使用微阵列查询每个样本中的百万个单核苷酸多态性的纯合缺失和扩增。 第三，我们使用SAGE和下一代按序合成技术分析了相同样品的转录组。 我们发现胰腺癌平均存在63个遗传改变，其中49个是点突变，8个是纯合缺失，6个是扩增。 进一步的分析揭示了一组核心的12个调节过程或途径，在70％至100％的样品中进行了遗传改变。 数据表明，这种核心途径的失调导致了胰腺肿瘤发生的主要特征。

公开(公告)号：US20120034318A1

公开(公告)日：2012-02-09

申请号：US13254610

申请日：2010-03-05

申请人： Bert Vogelstein ,  Kenneth W. Kinzler ,  D. Williams Parsons ,  Sian Jones ,  Scott Kern ,  Ralph Hruban ,  James R. Eshleman ,  Michael Goggins ,  Alison Klein ,  Manuel Hidalgo ,  Victor E. Velculescu

发明人： Bert Vogelstein ,  Kenneth W. Kinzler ,  D. Williams Parsons ,  Sian Jones ,  Scott Kern ,  Ralph Hruban ,  James R. Eshleman ,  Michael Goggins ,  Alison Klein ,  Manuel Hidalgo ,  Victor E. Velculescu

IPC分类号： A61K33/24 ,  A61P35/00 ,  C40B20/08 ,  G01N33/577 ,  G01N33/566 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  A61K31/407 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/158 ,  G01N33/57438 ,  G01N2333/47

摘要： The present invention provides a method for detecting mutations in the PALB2 gene in pancreatic cancer patients and in individuals having a family history of pancreatic cancer. Methods are also provided for diagnosing a predisposition to pancreatic cancer, for predicting a patient's response to pancreatic cancer therapies, and for treating pancreatic cancer, based on presence of a PALB2 mutation or abberant PALB2 gene expression in a patient.

摘要翻译： 本发明提供了一种检测胰腺癌患者和具有胰腺癌家族史的个体中PALB2基因突变的方法。 还提供了用于诊断患有胰腺癌的倾向，用于预测患者对胰腺癌治疗的反应以及用于治疗患者胰腺癌的方法，其基于在患者体内PALB2突变或异常PALB2基因表达的存在。

公开(公告)号：US20110229479A1

公开(公告)日：2011-09-22

申请号：US13060191

申请日：2009-09-03

申请人： Bert Vogelstein ,  Kenneth W. Kinzler ,  D. Williams Parsons ,  Xiaosong Zhang ,  Jimmy Cheng-Ho Lin ,  Rebecca J. Leary ,  Philipp Angenendt ,  Nickolas Papadopoulos ,  Victor Velculescu ,  Giovanni Parmigiani ,  Rachel Karchin ,  Sian Jones ,  Hai Yan ,  Darell Bigner ,  Chien-Tsun Kuan

发明人： Bert Vogelstein ,  Kenneth W. Kinzler ,  D. Williams Parsons ,  Xiaosong Zhang ,  Jimmy Cheng-Ho Lin ,  Rebecca J. Leary ,  Philipp Angenendt ,  Nickolas Papadopoulos ,  Victor Velculescu ,  Giovanni Parmigiani ,  Rachel Karchin ,  Sian Jones ,  Hai Yan ,  Darell Bigner ,  Chien-Tsun Kuan

IPC分类号： A61K39/395 ,  C12Q1/68 ,  G01N33/574 ,  C07K16/32 ,  A61K39/00 ,  C12N9/04 ,  C07H21/04 ,  C12Q1/32 ,  A61P37/04 ,  A61P35/00

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q2600/112 ,  C12Q2600/118 ,  C12Q2600/136 ,  C12Q2600/156

摘要： We found mutations of the R132 residue of isocitrate dehydrogenase 1 (IDH1) in the majority of grade II and III astrocytomas and oligodendrogliomas as well as in glioblastomas that develop from these lower grade lesions. Those tumors without mutations in IDH1 often had mutations at the analogous R172 residue of the closely related IDH2 gene. These findings have important implications for the pathogenesis and diagnosis of malignant gliomas.

摘要翻译： 我们发现大多数II级和III级星形细胞瘤和少突胶质细胞瘤中异柠檬酸脱氢酶1（IDH1）的R132残基突变以及从这些较低级别病变发展的成胶质细胞瘤。 那些没有IDH1突变的肿瘤在紧密相关的IDH2基因的类似R172残基中经常具有突变。 这些发现对恶性胶质瘤的发病机制和诊断具有重要意义。

公开(公告)号：US20100316995A1

公开(公告)日：2010-12-16

申请号：US12377073

申请日：2007-08-13

申请人： Tobias Sjoblom ,  Sian Jones ,  D. Williams Parsons ,  Laura D. Wood ,  Jimmy Lin ,  Thomas Barber ,  Diana Mandelker ,  Bert Vogelstein ,  Kenneth W. Kinzler ,  Victor E. Velculesu

发明人： Tobias Sjoblom ,  Sian Jones ,  D. Williams Parsons ,  Laura D. Wood ,  Jimmy Lin ,  Thomas Barber ,  Diana Mandelker ,  Bert Vogelstein ,  Kenneth W. Kinzler ,  Victor E. Velculesu

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156

摘要： Analysis of 13,023 genes in 11 breast and 11 colorectal cancers revealed that individual tumors accumulate an average of ˜90 mutant genes but that only a subset of these contribute to the neoplastic process. Using stringent criteria to delineate this subset, we identified 189 genes (average of 11 per tumor) that were mutated at significant frequency. The vast majority of these genes were not known to be genetically altered in tumors and are predicted to affect a wide range of cellular functions, including transcription, adhesion, and invasion. These data define the genetic landscape of two human cancer types, provide new targets for diagnostic and therapeutic intervention and monitoring.

摘要翻译： 分析11个乳房和11个结直肠癌中的13,023个基因显示，个体肿瘤平均累积〜90个突变基因，但只有其中一个子集对肿瘤过程有贡献。 使用严格的标准来描绘这一亚型，我们确定了189个基因（平均每个肿瘤11个），以显着的频率突变。 这些基因绝大多数不知道在肿瘤中被遗传改变，并被预测会影响广泛的细胞功能，包括转录，粘附和侵袭。 这些数据定义了两种人类癌症类型的遗传景观，为诊断和治疗干预和监测提供了新的目标。

公开(公告)号：US09115403B2

公开(公告)日：2015-08-25

申请号：US13254610

申请日：2010-03-05

申请人： Bert Vogelstein ,  Kenneth W. Kinzler ,  D. Williams Parsons ,  Sian Jones ,  Scott Kern ,  Ralph Hruban ,  James R. Eshleman ,  Michael Goggins ,  Alison Klein ,  Manuel Hidalgo ,  Victor E. Velculescu

发明人： Bert Vogelstein ,  Kenneth W. Kinzler ,  D. Williams Parsons ,  Sian Jones ,  Scott Kern ,  Ralph Hruban ,  James R. Eshleman ,  Michael Goggins ,  Alison Klein ,  Manuel Hidalgo ,  Victor E. Velculescu

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  A61P35/00 ,  G01N33/574 ,  C07H21/04

摘要： The present invention provides a method for detecting mutations in the PALB2 gene in pancreatic cancer patients and in individuals having a family history of pancreatic cancer. Methods are also provided for diagnosing a predisposition to pancreatic cancer, for predicting a patient's response to pancreatic cancer therapies, and for treating pancreatic cancer, based on presence of a PALB2 mutation or abberant PALB2 gene expression in a patient.

公开(公告)号：US08741573B2

公开(公告)日：2014-06-03

申请号：US12377073

申请日：2007-08-13

申请人： Tobias Sjoblom ,  Sian Jones ,  D. Williams Parsons ,  Laura D. Wood ,  Jimmy Lin ,  Thomas Barber ,  Diana Mandelker ,  Bert Vogelstein ,  Kenneth W. Kinzler ,  Victor E. Velculesu

发明人： Tobias Sjoblom ,  Sian Jones ,  D. Williams Parsons ,  Laura D. Wood ,  Jimmy Lin ,  Thomas Barber ,  Diana Mandelker ,  Bert Vogelstein ,  Kenneth W. Kinzler ,  Victor E. Velculesu

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G01N33/53

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156

摘要： Analysis of 13,023 genes in 11 breast and 11 colorectal cancers revealed that individual tumors accumulate an average of ˜90 mutant genes but that only a subset of these contribute to the neoplastic process. Using stringent criteria to delineate this subset, we identified 189 genes (average of 11 per tumor) that were mutated at significant frequency. The vast majority of these genes were not known to be genetically altered in tumors and are predicted to affect a wide range of cellular functions, including transcription, adhesion, and invasion. These data define the genetic landscape of two human cancer types, provide new targets for diagnostic and therapeutic intervention and monitoring.

摘要翻译： 分析11个乳房和11个结直肠癌中的13,023个基因显示，个体肿瘤平均累积〜90个突变基因，但只有其中一个子集对肿瘤过程有贡献。 使用严格的标准来描绘这一亚型，我们确定了189个基因（平均每个肿瘤11个），以显着的频率突变。 这些基因绝大多数不知道在肿瘤中被遗传改变，并被预测会影响广泛的细胞功能，包括转录，粘附和侵袭。 这些数据定义了两种人类癌症类型的遗传景观，为诊断和治疗干预和监测提供了新的目标。

公开(公告)号：US08685660B2

公开(公告)日：2014-04-01

申请号：US13060191

申请日：2009-09-03

申请人： Bert Vogelstein ,  Kenneth W. Kinzler ,  D. Williams Parsons ,  Xiaosong Zhang ,  Jimmy Cheng-Ho Lin ,  Rebecca J. Leary ,  Philipp Angenendt ,  Nickolas Papadopoulos ,  Victor Velculescu ,  Giovanni Parmigiani ,  Rachel Karchin ,  Sian Jones ,  Hai Yan ,  Darell Bigner ,  Chien-Tsun Kuan ,  Gregory J. Riggins

发明人： Bert Vogelstein ,  Kenneth W. Kinzler ,  D. Williams Parsons ,  Xiaosong Zhang ,  Jimmy Cheng-Ho Lin ,  Rebecca J. Leary ,  Philipp Angenendt ,  Nickolas Papadopoulos ,  Victor Velculescu ,  Giovanni Parmigiani ,  Rachel Karchin ,  Sian Jones ,  Hai Yan ,  Darell Bigner ,  Chien-Tsun Kuan ,  Gregory J. Riggins

IPC分类号： G01N33/574

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q2600/112 ,  C12Q2600/118 ,  C12Q2600/136 ,  C12Q2600/156

摘要： We found mutations of the R132 residue of isocitrate dehydrogenase 1 (IDH1) in the majority of grade II and III astrocytomas and oligodendrogliomas as well as in glioblastomas that develop from these lower grade lesions. Those tumors without mutations in IDH1 often had mutations at the analogous R172 residue of the closely related IDH2 gene. These findings have important implications for the pathogenesis and diagnosis of malignant gliomas.

摘要翻译： 我们发现大多数II级和III级星形细胞瘤和少突胶质细胞瘤中异柠檬酸脱氢酶1（IDH1）的R132残基突变以及从这些较低级别病变发展的成胶质细胞瘤。 那些没有IDH1突变的肿瘤在紧密相关的IDH2基因的类似R172残基中经常具有突变。 这些发现对恶性胶质瘤的发病机制和诊断具有重要意义。

公开(公告)号：US20120202207A1

公开(公告)日：2012-08-09

申请号：US13412696

申请日：2012-03-06

申请人： Bert VOGELSTEIN ,  Kenneth W. KINZLER ,  D. Williams PARSONS ,  Xiaosong ZHANG ,  Jimmy Cheng-Ho LIN ,  Rebecca J. LEARY ,  Philipp ANGENENDT ,  Nickolas PAPADOPOULOS ,  Victor VELCULESCU ,  Giovanni PARMIGIANI ,  Rachel KARCHIN ,  Sian JONES ,  Hai YAN ,  Darell BIGNER ,  Chien-Tsun KUAN ,  Gregory J. RIGGINS

发明人： Bert VOGELSTEIN ,  Kenneth W. KINZLER ,  D. Williams PARSONS ,  Xiaosong ZHANG ,  Jimmy Cheng-Ho LIN ,  Rebecca J. LEARY ,  Philipp ANGENENDT ,  Nickolas PAPADOPOULOS ,  Victor VELCULESCU ,  Giovanni PARMIGIANI ,  Rachel KARCHIN ,  Sian JONES ,  Hai YAN ,  Darell BIGNER ,  Chien-Tsun KUAN ,  Gregory J. RIGGINS

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07K16/40 ,  C07H21/04 ,  G01N33/574

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q2600/112 ,  C12Q2600/118 ,  C12Q2600/136 ,  C12Q2600/156

摘要： We found mutations of the R132 residue of isocitrate dehydrogenase 1 (IDH1) in the majority of grade II and III astrocytomas and oligodendrogliomas as well as in glioblastomas that develop from these lower grade lesions. Those tumors without mutations in IDH1 often had mutations at the analogous R172 residue of the closely related IDH2 gene. These findings have important implications for the pathogenesis and diagnosis of malignant gliomas.

摘要翻译： 我们发现大多数II级和III级星形细胞瘤和少突胶质细胞瘤中异柠檬酸脱氢酶1（IDH1）的R132残基突变以及从这些较低级别病变发展的成胶质细胞瘤。 那些没有IDH1突变的肿瘤在紧密相关的IDH2基因的类似R172残基中经常具有突变。 这些发现对恶性胶质瘤的发病机制和诊断具有重要意义。

公开(公告)号：US09315868B2

公开(公告)日：2016-04-19

申请号：US13254610

申请日：2010-03-05

申请人： Bert Vogelstein ,  Kenneth W. Kinzler ,  D. Williams Parsons ,  Sian Jones ,  Scott Kern ,  Ralph Hruban ,  James R. Eshleman ,  Michael Goggins ,  Alison Klein ,  Manuel Hidalgo ,  Victor E. Velculescu

发明人： Bert Vogelstein ,  Kenneth W. Kinzler ,  D. Williams Parsons ,  Sian Jones ,  Scott Kern ,  Ralph Hruban ,  James R. Eshleman ,  Michael Goggins ,  Alison Klein ,  Manuel Hidalgo ,  Victor E. Velculescu

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  A61P35/00 ,  G01N33/574 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  A61K31/407 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/158 ,  G01N33/57438 ,  G01N2333/47

摘要： The present invention provides a method for detecting mutations in the PALB2 gene in pancreatic cancer patients and in individuals having a family history of pancreatic cancer. Methods are also provided for diagnosing a predisposition to pancreatic cancer, for predicting a patient's response to pancreatic cancer therapies, and for treating pancreatic cancer, based on presence of a PALB2 mutation or abberant PALB2 gene expression in a patient.

摘要翻译： 本发明提供了一种检测胰腺癌患者和具有胰腺癌家族史的个体中PALB2基因突变的方法。 还提供了用于诊断患有胰腺癌的倾向，用于预测患者对胰腺癌治疗的反应以及用于治疗患者胰腺癌的方法，其基于在患者体内PALB2突变或异常PALB2基因表达的存在。