公开(公告)号：US20130071418A1

公开(公告)日：2013-03-21

申请号：US13510684

申请日：2010-11-18

申请人： Catherine H. Schein ,  Petr Danecek

发明人： Catherine H. Schein ,  Petr Danecek

IPC分类号： C12Q1/70 ,  C07K14/18 ,  G06F19/10

CPC分类号： C07K14/1825 ,  C07K14/005 ,  C07K16/1081 ,  C07K2317/33 ,  C12N2770/24122 ,  G01N33/56983 ,  G01N2333/185 ,  G01N2469/20 ,  G06F19/16 ,  G06F19/22 ,  Y02A50/51 ,  Y02A50/53 ,  Y02A90/26

摘要： Provided herein is a computational method for designing a PCP-consensus protein for a family of related proteins. The method uses a consensus alignment of a protein domain common to all the related proteins, which may or may not be substantially biased, from which an average value of p, e.g., 5, physicochemical properties are calculated for each amino acid in the alignment. The PCP-consensus protein has a sequence derived from an alignment of protein domains from a family of related proteins, said sequence containing one or more motifs common to all of the proteins. Also provided are the PCP-consensus proteins, kits comprising the same, datasets of aligned consensus sequences used to derive the PCP-consensus proteins and methods of eliciting an immune response, diagnosing or treating an infectious disease using the same.

摘要翻译： 本文提供了一种用于设计相关蛋白家族的PCP-共有蛋白的计算方法。 该方法使用所有相关蛋白质共有的蛋白质结构域的共有序列，所述蛋白质结构域可能或可能不是基本上偏倚的，对于每个对齐中的每个氨基酸，对其计算平均p值，例如5的物理化学性质。 PCP-共有蛋白具有衍生自相关蛋白家族的蛋白质结构域的序列的序列，所述序列含有所有蛋白质共有的一个或多个基序。 还提供了PCP-共有蛋白质，包含其的试剂盒，用于衍生PCP-共有蛋白质的排列共有序列的数据集以及引发免疫应答的方法，使用该蛋白质诊断或治疗感染性疾病。

公开(公告)号：US08900596B2

公开(公告)日：2014-12-02

申请号：US13510684

申请日：2010-11-18

申请人： Catherine H. Schein ,  Petr Danecek

发明人： Catherine H. Schein ,  Petr Danecek

IPC分类号： A61K39/12 ,  A61K39/42 ,  C07K14/18 ,  G06F19/22 ,  G01N33/569 ,  C07K16/10 ,  C07K14/005 ,  G06F19/16

CPC分类号： C07K14/1825 ,  C07K14/005 ,  C07K16/1081 ,  C07K2317/33 ,  C12N2770/24122 ,  G01N33/56983 ,  G01N2333/185 ,  G01N2469/20 ,  G06F19/16 ,  G06F19/22 ,  Y02A50/51 ,  Y02A50/53 ,  Y02A90/26

摘要： Provided herein is a computational method for designing a PCP-consensus protein for a family of related proteins. The method uses a consensus alignment of a protein domain common to all the related proteins, which may or may not be substantially biased, from which an average value of p, e.g., 5, physicochemical properties are calculated for each amino acid in the alignment. The PCP-consensus protein has a sequence derived from an alignment of protein domains from a family of related proteins, said sequence containing one or more motifs common to all of the proteins. Also provided are the PCP-consensus proteins, kits comprising the same, datasets of aligned consensus sequences used to derive the PCP-consensus proteins and methods of eliciting an immune response, diagnosing or treating an infectious disease using the same.

摘要翻译： 本文提供了一种用于设计相关蛋白家族的PCP-共有蛋白的计算方法。 该方法使用所有相关蛋白质共有的蛋白质结构域的共有序列，所述蛋白质结构域可能或可能不是基本上偏倚的，对于每个对齐中的每个氨基酸，对其计算平均p值，例如5的物理化学性质。 PCP-共有蛋白具有衍生自相关蛋白家族的蛋白质结构域的序列的序列，所述序列含有所有蛋白质共有的一个或多个基序。 还提供了PCP-共有蛋白质，包含其的试剂盒，用于衍生PCP-共有蛋白质的排列共有序列的数据集以及引发免疫应答的方法，使用该蛋白质诊断或治疗感染性疾病。