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1.发明申请Method and system for predicting gene pathway using gene expression pattern data and protein interaction data 失效使用基因表达模式数据和蛋白质相互作用数据预测基因途径的方法和系统公开(公告)号：US20060122792A1
公开(公告)日：2006-06-08
申请号：US11297008
申请日：2005-12-07
IPC分类号： G06F19/00
摘要： Provided are a method and system for predicting pathways of genes that serve the same biological purpose using gene expression pattern data and protein interaction data. The method of predicting a gene pathway includes: a first step of generating partial pathways from gene expression pattern data by using a pathway extraction algorithm, and matching the partial pathways to express them as a graph; a second step of generating partial pathways from protein interaction data by using a pathway extraction algorithm, and matching the partial pathways to express them as a graph; and a third step of combining a graph made in the first step and a graph made in the second step by using a graph matching algorithm to make a combined graph.
摘要翻译： 提供了使用基因表达模式数据和蛋白质相互作用数据来预测服务于相同生物学目的的基因途径的方法和系统。 预测基因途径的方法包括：通过使用途径提取算法从基因表达模式数据产生部分途径的第一步骤，并且匹配部分途径以将其表示为图; 通过使用途径提取算法从蛋白质相互作用数据产生部分路径的第二步骤，并且将部分路径匹配以将其表示为图; 以及第三步骤，通过使用图匹配算法来组合在第一步骤中制作的图形和第二步骤中制作的图形以组合图形。
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2.发明申请Method for identifying relevant groups of genes using gene expression profiles 审中-公开使用基因表达谱鉴定相关基因组的方法公开(公告)号：US20050130187A1
公开(公告)日：2005-06-16
申请号：US10919284
申请日：2004-08-17
摘要： Provided is a method for identifying relevant groups of genes using gene expression profiles. More particularly, it is provided a method for identifying relevant groups of genes using gene expression profiles, which analyzes the gene expression profiles obtained from microarray experiments to automatically extract seed genes of significance and identifies the relevant groups of genes based on the extracted seed genes, so that effective identification is possible regardless of the number of genes and a blind setting of initial input parameters are not required for users to readily use the method, wherein the method comprises the steps of (a) preprocessing the gene expression profiles; (b) setting the number of gene groups to be desired (k) and a input parameter(s); (c) extracting k seed genes (k=1, 2, 3, . . . ,n) based on the set input parameter(s); (d) identifying relevant groups of genes by means of the extracted seed genes; and (e) evaluating the identified relevant groups of genes.
摘要翻译： 提供了使用基因表达谱鉴定相关基因组的方法。 更具体地，提供了一种使用基因表达谱鉴定相关基因组的方法，其分析从微阵列实验获得的基因表达谱，以自动提取有意义的种子基因，并基于提取的种子基因鉴定相关基因组， 使得有效的识别是可能的，无论基因的数量如何，并且用户不需要初始输入参数的盲目设置来容易地使用该方法，其中该方法包括以下步骤：（a）预处理基因表达谱; （b）设定所需基因组数（k）和输入参数; （c）基于所设置的输入参数提取k个种子基因（k = 1,2,3，...，n）; （d）通过提取的种子基因鉴定相关基因组; 和（e）评估所鉴定的相关基因组。
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