公开(公告)号：US20120116737A1

公开(公告)日：2012-05-10

申请号：US13329852

申请日：2011-12-19

申请人： Kevin J. Bowers ,  Ron O. Dror ,  David E. Shaw ,  Martin M. Deneroff ,  Richard H. Larson ,  John K. Salmon

发明人： Kevin J. Bowers ,  Ron O. Dror ,  David E. Shaw ,  Martin M. Deneroff ,  Richard H. Larson ,  John K. Salmon

IPC分类号： G06F17/10

CPC分类号： G06F9/30 ,  G06F15/76 ,  G16B15/00 ,  G16C10/00

摘要： A generalized approach to particle interaction can confer advantages over previously described method in terms of one or more of communications bandwidth and latency and memory access characteristics. These generalizations can involve one or more of at least spatial decomposition, import region rounding, and multiple zone communication scheduling. An architecture for computation of particle interactions makes use various forms of parallelism. In one implementation, the parallelism involves using multiple computation nodes arranged according to a geometric partitioning of a simulation volume.

摘要翻译： 在通信带宽和延迟和存储器访问特性中的一个或多个方面，通用的粒子交互方法可以赋予先前描述的方法的优点。 这些概括可以涉及至少空间分解，导入区域舍入和多区域通信调度中的一个或多个。 用于计算粒子相互作用的架构使用各种形式的并行性。 在一个实现中，并行性涉及使用根据模拟体积的几何划分排列的多个计算节点。

公开(公告)号：US08126956B2

公开(公告)日：2012-02-28

申请号：US11975694

申请日：2007-10-19

申请人： Kevin J. Bowers ,  Ron O Dror ,  David E. Shaw

发明人： Kevin J. Bowers ,  Ron O Dror ,  David E. Shaw

IPC分类号： G06F15/16 ,  G06F7/60 ,  G06G7/48

CPC分类号： G06F9/30 ,  G06F15/76 ,  G06F19/16 ,  G06F19/701

摘要： A computer-implemented method for determining computational units for computing interactions among sets of bodies located in a computation region includes, for each computation associated with one of the sets of bodies, determining, according to an assignment rule that provides a mapping from a location of each of the bodies to a determined computation unit from the plurality of computation units, a computation unit from a plurality of computation units for performing the computation.

摘要翻译： 用于确定用于计算位于计算区域中的身体组之间的交互的计算单元的计算机实现的方法包括：对于与所述主体集合之一相关联的每个计算，确定根据从所述主体的位置提供映射的分配规则， 每个身体到来自多个计算单元的确定的计算单元，来自用于执行计算的多个计算单元的计算单元。

公开(公告)号：US08015238B2

公开(公告)日：2011-09-06

申请号：US11975694

申请日：2007-10-19

申请人： Kevin J. Bowers ,  Ron O Dror ,  David E. Shaw ,  Martin Deneroff

发明人： Kevin J. Bowers ,  Ron O Dror ,  David E. Shaw ,  Martin Deneroff

IPC分类号： G06F15/16 ,  G06F7/60 ,  G06G7/48

摘要： A generalized approach to particle interaction can confer advantages over previously described method in terms of one or more of communications bandwidth and latency and memory access characteristics. These generalizations can involve one or more of at least spatial decomposition, import region rounding, and multiple zone communication scheduling. An architecture for computation of particle interactions makes use various forms of parallelism. In one implementation, the parallelism involves using multiple computation nodes arranged according to a geometric partitioning of a simulation volume.

公开(公告)号：US10824422B2

公开(公告)日：2020-11-03

申请号：US13329852

申请日：2011-12-19

申请人： Kevin J. Bowers ,  Ron Dror ,  David Shaw

发明人： Kevin J. Bowers ,  Ron Dror ,  David Shaw

IPC分类号： G06F17/10 ,  G06F9/30 ,  G16C10/00 ,  G06F15/76 ,  G16B15/00

摘要： A method for performing computations associated with bodies located in a computation region includes, for each subset of multiple subsets of the computations, performing the computations in that subset of computations, including accepting data of bodies located in each of a plurality of import regions associated with the subset of the computations, the import regions being parts of the computation region; for each combination of a predetermined plurality of combinations of multiple of the import regions, performing computations associated with sets of bodies, wherein for each of the sets of bodies, at least one body of the set is located in each import region of the combination.

公开(公告)号：US20100280806A1

公开(公告)日：2010-11-04

申请号：US12775847

申请日：2010-05-07

申请人： Kevin J. Bowers

发明人： Kevin J. Bowers

IPC分类号： G06G7/48

CPC分类号： G06F19/701 ,  G06F17/50 ,  G06F2217/16 ,  G06T17/20

摘要： Distributed computation of multiple body interactions in a region uses multiple processing modules, where each of the processing modules is associated with a respective corresponding portion of the region. In some examples, the approach includes establishing multiple coordinate frames of reference, each processing module corresponding to one the coordinate frames of reference. In some examples, efficient techniques are used for selecting elements for computation of interactions according at least in part to a separation-based criterion.

摘要翻译： 区域中的多体交互的分布式计算使用多个处理模块，其中每个处理模块与区域的相应对应部分相关联。 在一些示例中，该方法包括建立多个坐标参考系，每个处理模块对应于一个坐标参考系。 在一些示例中，至少部分地基于基于分离的标准，使用有效技术来选择用于计算交互的元素。

公开(公告)号：US20080234990A1

公开(公告)日：2008-09-25

申请号：US12053170

申请日：2008-03-21

申请人： Kevin J. Bowers

发明人： Kevin J. Bowers

IPC分类号： G06F17/50

CPC分类号： G06F19/701 ,  G06F17/50 ,  G06F2217/16 ,  G06T17/20

摘要： Distributed computation of multiple body interactions in a region uses multiple processing modules, where each of the processing modules is associated with a respective corresponding portion of the region. In some examples, the approach includes establishing multiple coordinate frames of reference, each processing module corresponding to one the coordinate frames of reference. In some examples, efficient techniques are used for selecting elements for computation of interactions according at least in part to a separation-based criterion.

摘要翻译： 区域中的多体交互的分布式计算使用多个处理模块，其中每个处理模块与区域的相应对应部分相关联。 在一些示例中，该方法包括建立多个坐标参考系，每个处理模块对应于一个坐标参考系。 在一些示例中，至少部分地基于基于分离的标准，使用有效技术来选择用于计算交互的元素。

公开(公告)号：US08918305B2

公开(公告)日：2014-12-23

申请号：US12053170

申请日：2008-03-21

申请人： Kevin J. Bowers

发明人： Kevin J. Bowers

IPC分类号： G06G7/48 ,  G06F19/00 ,  G06F17/50 ,  G06T17/20

CPC分类号： G06F19/701 ,  G06F17/50 ,  G06F2217/16 ,  G06T17/20

摘要： Distributed computation of multiple body interactions in a region uses multiple processing modules, where each of the processing modules is associated with a respective corresponding portion of the region. In some examples, the approach includes establishing multiple coordinate frames of reference, each processing module corresponding to one the coordinate frames of reference. In some examples, efficient techniques are used for selecting elements for computation of interactions according at least in part to a separation-based criterion.

摘要翻译： 区域中的多体交互的分布式计算使用多个处理模块，其中每个处理模块与区域的相应对应部分相关联。 在一些示例中，该方法包括建立多个坐标参考系，每个处理模块对应于一个坐标参考系。 在一些示例中，至少部分地基于基于分离的标准，使用有效技术来选择用于计算交互的元素。

公开(公告)号：US08160852B2

公开(公告)日：2012-04-17

申请号：US12775847

申请日：2010-05-07

申请人： Kevin J. Bowers

发明人： Kevin J. Bowers

IPC分类号： G06G7/48

CPC分类号： G06F19/701 ,  G06F17/50 ,  G06F2217/16 ,  G06T17/20

摘要： Distributed computation of multiple body interactions in a region uses multiple processing modules, where each of the processing modules is associated with a respective corresponding portion of the region. In some examples, the approach includes establishing multiple coordinate frames of reference, each processing module corresponding to one the coordinate frames of reference. In some examples, efficient techniques are used for selecting elements for computation of interactions according at least in part to a separation-based criterion.

摘要翻译： 区域中的多体交互的分布式计算使用多个处理模块，其中每个处理模块与区域的相应对应部分相关联。 在一些示例中，该方法包括建立多个坐标参考系，每个处理模块对应于一个坐标参考系。 在一些示例中，至少部分地基于基于分离的标准，使用有效技术来选择用于计算交互的元素。

公开(公告)号：US07809535B2

公开(公告)日：2010-10-05

申请号：US11865298

申请日：2007-10-01

申请人： Kevin J. Bowers

发明人： Kevin J. Bowers

IPC分类号： G06F17/50 ,  G06G7/48

CPC分类号： G06F17/5009

摘要： A method for dynamics simulation involves maintaining quantities according to a floating point binary format quantized to a first precision lower than the precision supported by the floating point format. For example, although an IEEE floating point number can represent numbers with a precision of one part in 2^24, the quantities are quantized to a lower precision, such as one part in 2^22. Operations are applied to sets of the quantities by quantizing the intermediate results of the operations to the lower precision than the precision supported by the floating point format.

摘要翻译： 用于动态模拟的方法包括根据浮点型二进制格式维持量化，该量化为低于由浮点格式支持的精度的第一精度。 例如，虽然IEEE浮点数可以表示在2 ^ 24中具有一个部分的精度的数字，但是这些量被量化为较低的精度，例如2 ^ 22中的一部分。 通过将操作的中间结果量化为比浮点格式支持的精度更低的精度，将操作应用于数量集。

公开(公告)号：US07769571B2

公开(公告)日：2010-08-03

申请号：US11865262

申请日：2007-10-01

申请人： Kevin J. Bowers

发明人： Kevin J. Bowers

IPC分类号： G06F17/50 ,  G06G7/48

CPC分类号： G06F19/701

摘要： An improved constraint approach reduces the energy drift rate to acceptable levels. In an embodiment of this approach, massively parallel constrained velocity Verlet NVE (constant particle number, constant volume, constant energy) MD simulations can be run using single precision arithmetic with very low energy drift (e.g., ˜1 Kelvin per microsecond simulated time) using large timesteps (e.g., 2.5 fs) for typical systems and MD force fields.

摘要翻译： 改进的约束方法将能量漂移率降低到可接受的水平。 在这种方法的一个实施例中，可以使用具有非常低的能量漂移（例如，〜1开尔文每微秒模拟时间）的单精度算术来运行大规模平行约束速度Verlet NVE（恒定粒子数，恒定体积，恒定能量）的MD模拟，使用 典型系统和MD力场的大时间步长（例如，2.5 fs）。