公开(公告)号：US20080281847A1

公开(公告)日：2008-11-13

申请号：US12105633

申请日：2008-04-18

申请人： Nikolaos Berntenis ,  Christian Miess ,  Bernd Mueller

发明人： Nikolaos Berntenis ,  Christian Miess ,  Bernd Mueller

IPC分类号： G06F17/30

CPC分类号： G16B50/00 ,  G16B30/00

摘要： The invention provides a method of processing protein peptide data obtained from healthy or pathological samples for analysis, comprising the steps of: providing a list of peptide sequences and associated auxiliary information representing an input data set; compiling from the input data set a new peptide sequence list by removing peptide sequence redundancy in the peptide sequence list, said new peptide sequence list representing a peptide data set; and grouping together members of the peptide data set originating from the same protein thus generating a protein data set.

摘要翻译： 本发明提供了一种处理从健康或病理样品获得的蛋白质肽数据进行分析的方法，包括以下步骤：提供表示输入数据集的肽序列和相关辅助信息的列表; 通过删除肽序列表中的肽序列冗余从输入数据集合编码新的肽序列表，所述新肽序列表表示肽数据集; 并将来自相同蛋白质的肽数据集的成员分组在一起，从而产生蛋白质数据集。

公开(公告)号：US20080193457A1

公开(公告)日：2008-08-14

申请号：US10567386

申请日：2004-07-30

申请人： Nikolaos Berntenis ,  Gerrit Buurman ,  Harald Kropshofer ,  Bernd Christian Mueller ,  Sebastian Thomas Spindeldreher ,  Anne Vogt ,  Werner Zolg

发明人： Nikolaos Berntenis ,  Gerrit Buurman ,  Harald Kropshofer ,  Bernd Christian Mueller ,  Sebastian Thomas Spindeldreher ,  Anne Vogt ,  Werner Zolg

IPC分类号： A61K39/395 ,  C07K7/00 ,  C07K14/00 ,  C07K16/18 ,  C12N15/11 ,  A61P43/00 ,  C12N15/00 ,  C12N5/06 ,  A61K38/00 ,  G01N33/00

CPC分类号： C07K14/4713 ,  C07K14/70539

摘要： The present invention provides novel naturally-processed MHC class II antigenic peptides; which originate from interferon-γ-inducible lysosomal thiol reductase, integrin beta-2, phosphatitylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, urokinase-type plas-minogen activator, immunoglobulin heavy chain V-III region (VH26), DJ-1 protein, apolipoprotein B-100, 26S proteasome non-AT-Pase regulatory subunit 8, interleukin-1 receptor, fibromodulin, GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor, sorting nexin 3, inter-α-trypsin inhibitor heavy chain H4, complement C4, complement C3 (α-chain), complement C3 (β-chain), SH3 domain-binding glutamic acid-rich-like protein 3, interleukin-4-induced protein 1, hemopexin, Hsc70-interacting protein, invariant chain (Ii), retinoic acid receptor responder protein 2, fibronectin, cathepsin B, tripeptidyl-peptidase II, legumain, platelet activating factor receptor, poly-alpha-2.8-sialyltrans-ferase, and ras-leated protein Rab-11B. Also provided are these antigenic peptides and the proteins they are derived from as markers for erosive and/or non-erosive RA. Moreover, these antigenic peptides linked to MHC class II molecules, antibodies reactive with said antigenic peptides, nucleic acids encoding said antigenic peptides, and nucleic acid constructs, host cells and methods for expressing said antigenic peptides are provided. The antigenic peptides of the invention can be used as markers in diagnosis of RA and in therapy as anti-RA vaccines.

摘要翻译： 本发明提供了新型的天然加工的MHC II类抗原肽; 其衍生自干扰素-γ诱导型溶酶体硫醇还原酶，整联蛋白β-2，磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶，尿激酶型血小板原激活物，免疫球蛋白重链V-III区（V < / - 26），DJ-1蛋白，载脂蛋白B-100,26S蛋白酶体非AT-Pase调节亚单位8，白细胞介素-1受体，纤维调节蛋白，GM-CSF / IL-3 / IL-5受体，分选nexin 3 ，α间胰蛋白酶抑制剂重链H4，补体C4，补体C3（α链），补体C3（β链），SH3结构域结合谷氨酸样蛋白3，白细胞介素-4诱导蛋白1 ，血凝素，Hsc70相互作用蛋白，不变链（Ii），视黄酸受体应答蛋白2，纤连蛋白，组织蛋白酶B，三肽基肽酶II，legumain，血小板激活因子受体，聚α-2.8-唾液酸转移酶和ras - 蛋白质Rab-11B。 还提供了这些抗原肽和它们作为侵蚀性和/或非侵蚀性RA的标记物衍生的蛋白质。 此外，提供了与MHC II类分子连接的这些抗原肽，与所述抗原肽反应的抗体，编码所述抗原肽的核酸和核酸构建体，宿主细胞和用于表达所述抗原肽的方法。 本发明的抗原肽可用作RA诊断和抗RA疫苗治疗中的标志物。