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    INTEGRATED SYSTEM FOR NUCLEIC ACID-BASED STORAGE OF DIGITAL DATA
    13.
    发明申请
    INTEGRATED SYSTEM FOR NUCLEIC ACID-BASED STORAGE OF DIGITAL DATA 审中-公开
    用于基于核酸的数字数据存储的集成系统

    公开(公告)号：WO2016164779A1

    公开(公告)日：2016-10-13

    申请号：PCT/US2016/026726

    申请日：2016-04-08

    Applicant: UNIVERSITY OF WASHINGTON

    Inventor： CEZE, Luis, Henrique ,  SEELIG, Georg

    IPC: G06N3/12 ,  G06F17/30 ,  G06F19/22 ,  G11C13/02

    CPC classification number: G06F19/22 ,  G06F17/30 ,  G06F19/20 ,  G06F19/28 ,  G06N3/12 ,  G11C13/0019 ,  G11C13/02

    Abstract: In some embodiments, systems and methods for storing and/or retrieving digital information in a nucleic acid library are provided. In some embodiments, an integrated system comprising a nucleic acid synthesis device, a nucleic acid sequencing device, a computing device, and a nucleic acid library is provided. In some embodiments, a write request that associates a value with a key is received by the system, the system synthesizes nucleic acid molecules associated with the request, and stores the nucleic acid molecules in the nucleic acid library. In some embodiments, a read request for a key is received by the system, and the system sequences nucleic acid molecules from the nucleic acid library that are associated with the key.

    Abstract translation: 在一些实施例中，提供了用于在核酸库中存储和/或检索数字信息的系统和方法。 在一些实施方案中，提供了包含核酸合成装置，核酸测序装置，计算装置和核酸文库的整合系统。 在一些实施例中，将值与密钥相关联的写请求由系统接收，系统合成与请求相关联的核酸分子，并将核酸分子存储在核酸文库中。 在一些实施例中，系统接收到对密钥的读取请求，并且系统从与该密钥相关联的核酸库序列核酸分子。

    METHOD FOR MEASURING A CHANGE IN AN INDIVIDUAL'S IMMUNOREPERTOIRE
    14.
    发明申请
    METHOD FOR MEASURING A CHANGE IN AN INDIVIDUAL'S IMMUNOREPERTOIRE 审中-公开
    用于测量个体免疫球蛋白变化的方法

    公开(公告)号：WO2016144776A1

    公开(公告)日：2016-09-15

    申请号：PCT/US2016/020939

    申请日：2016-03-04

    Applicant: CB BIOTECHNOLOGIES, INC.

    Inventor： HAN, Jian

    IPC: C12Q1/68 ,  G01N33/50 ,  G01N33/48 ,  G06F19/22

    CPC classification number: G06F19/20

    Abstract: The present invention pertains to methods for determining the change in the immune repertoire of an individual suffering from disease or undergoing therapy for the treatment of a disease. The methods use the difference between the change in the level of immune cell diversity seen in an individual before, during or after a health event to determine the effect of the disease, or the effect of a treatment regime, on the individual. The difference in the level of immune cell diversity is referred to as the Delta Index and is defined as the quantitative and qualitative change (gain or loss of clones) of an individual's most dynamic immune cells over time.

    Abstract translation: 本发明涉及用于确定患有疾病或正在接受治疗疾病的个体的免疫谱的变化的方法。 该方法使用在健康事件之前，期间或之后在个体中观察到的免疫细胞多样性水平的变化之间的差异，以确定疾病的效果或治疗方案对个体的影响。 免疫细胞多样性水平的差异被称为三角洲指数，并被定义为个体最具动态免疫细胞随时间的定量和定性变化（克隆的增益或损失）。

    METHODS AND SYSTEMS FOR DETERMINING PROPORTIONS OF DISTINCT CELL SUBSETS
    16.
    发明申请
    METHODS AND SYSTEMS FOR DETERMINING PROPORTIONS OF DISTINCT CELL SUBSETS 审中-公开
    用于确定细胞宿主比例的方法和系统

    公开(公告)号：WO2016118860A1

    公开(公告)日：2016-07-28

    申请号：PCT/US2016/014520

    申请日：2016-01-22

    Applicant: THE BOARD OF TRUSTEES OF THE LELAND STANFORD JUNIOR UNIVERSITY

    Inventor： NEWMAN, Aaron M. ,  ALIZADEH, Arash Ash

    IPC: G06F15/18

    CPC classification number: C12Q1/6886 ,  C12Q1/6809 ,  C12Q1/6881 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/158 ,  G01N33/5005 ,  G06F19/20 ,  C12Q2537/165

    Abstract: Methods of deconvolving a feature profile of a physical system are provided herein. The present method may include: optimizing a regression between a) a feature profile of a first plurality of distinct components and b) a reference matrix of feature signatures for a second plurality of distinct components, wherein the feature profile is modeled as a linear combination of the reference matrix, and wherein the optimizing includes solving a set of regression coefficients of the regression, wherein the solution minimizes 1) a linear loss function and 2) an L2-norm penalty function; and estimating the fractional representation of one or more distinct components among the second plurality of distinct components present in the sample based on the set of regression coefficients. Systems and computer readable media for performing the subject methods are also provided.

    Abstract translation: 本文提供了解卷积物理系统的特征轮廓的方法。 本方法可以包括：优化a）第一多个不同组件的特征轮廓之间的回归，以及b）用于第二多个不同组件的特征签名的参考矩阵，其中所述特征轮廓被建模为 所述参考矩阵，其中所述优化包括求解一组回归的回归系数，其中所述解最小化1）线性损失函数和2）L2范数惩罚函数; 以及基于所述一组回归系数来估计所述样本中存在的所述第二多个不同组分中的一个或多个不同组分的分数表示。 还提供了用于执行主题方法的系统和计算机可读介质。

    PROCÉDÉ D'ESTIMATION DE L'AFFINITÉ SONDE-CIBLE D'UNE PUCE A ADN ET PROCÉDÉ DE FABRICATION D'UNE PUCE A ADN
    18.
    发明申请
    PROCÉDÉ D'ESTIMATION DE L'AFFINITÉ SONDE-CIBLE D'UNE PUCE A ADN ET PROCÉDÉ DE FABRICATION D'UNE PUCE A ADN 审中-公开
    用于估计DNA芯片的探针目标亲和力的方法和制造DNA芯片的方法

    公开(公告)号：WO2016087756A1

    公开(公告)日：2016-06-09

    申请号：PCT/FR2015/053256

    申请日：2015-11-30

    Applicant: BIOMERIEUX ,  HOSPICES CIVILS DE LYON

    Inventor： BECKER, Jérémy ,  PEROT, Philippe ,  MALLET, François

    IPC: G06F19/20

    CPC classification number: G06F19/20

    Abstract: Procédé d'estimation de l'affinité ϕ d'un premier brin d'ADN, ou « sonde », à s'hybrider avec un deuxième brin d'ADN, ou « cible », pour former un hybride de longueur L bp , le procédé comprenant; dans chaque division d'un ensemble de M divisions de l'hybride, compter le nombre de fois où chaque hybride d'un ensemble de P hybrides de brins d'ADN est présent dans la division, lesdits hybrides étant de longueur k inférieure à la longueur L bp , ou « k -hybrides »; pour chaque combinaison de défauts d'appariement d'un ensemble de L combinaisons de défauts d'appariement dans un hybride de longueur Lbp, déterminer si ledit couple de défauts d'appariement est présent dans ledit hybride; et calculer l'affinité ϕ selon la relation : ( ϕ) expression dans laquelle : - ∀( m, p ) ∈ [1, Μ ] x [1, P ], β p,m est un scalaire prédéterminé quantifiant la contribution à l'affinité ϕ du p ième k - hybride de l'ensemble de P k - hybrides lorsque ce p ième k -hybride est présent dans la m ième zone de ladite division, et x m,p est le nombre de fois où ce p ième k -hybride est dénombré pour ledit hybride dans la m ième zone de ladite division; et α est un terme réel.

    Abstract translation: 本发明涉及一种用于估计第一DNA链或“探针”的亲和力的方法，用于与第二条DNA链或“靶”杂交以形成长度为L bp的杂交体，其中该方法包括： 在杂种的一组M分割的每个分割中，计数一组P DNA链杂交体中的每个杂种存在于所述分裂中的次数，其中所述杂种具有比长度L bp更短的长度k ，或“k-杂种”; 对于具有长度L bp的杂交体中的一组L错配组合的错配的每个组合，确定所述杂交体中是否存在所述失配对; 并且根据以下关系式计算亲和度φ（参见公式（I）），其中： - ∀（m，p）∈[1，Μ] x [1，P]，βp，m是预定标量 当p k-杂交集合存在于所述划分的第n个区域时，对p k-杂种集合的第p个k-混合的亲和度的贡献，xm，p是该pth- 对所述分割的第m个区域中的所述杂种进行杂交; α是一个实际的术语。

    GLYCOSYLTRANSFERASE GENE EXPRESSION PROFILE TO IDENTIFY MULTIPLE CANCER TYPES AND SUBTYPES
    20.
    发明申请
    GLYCOSYLTRANSFERASE GENE EXPRESSION PROFILE TO IDENTIFY MULTIPLE CANCER TYPES AND SUBTYPES 审中-公开
    GLYCOSYLTRANSFERASE基因表达谱识别多种癌型和亚型

    公开(公告)号：WO2016059585A1

    公开(公告)日：2016-04-21

    申请号：PCT/IB2015/057916

    申请日：2015-10-15

    Applicant: UNIVERSITY OF CAPE TOWN

    Inventor： NAIDOO, Kevin Jonathan ,  ASHKANI, Jahanshah

    IPC: C12Q1/68

    CPC classification number: C12Q1/6886 ,  C12Q2600/112 ,  C12Q2600/158 ,  G06F19/20

    Abstract: This invention relates to a method of classification of cancer type or subtype in a subject by detecting glycosyltransferase gene expression in a sample from the subject. In particular, where the method is for classification of cancer subtype in the subject the glycosyltransferase genes may be survival associated glycosyltransferase genes. The invention further relates to a kit comprising glycosyltransferase gene biomarkers for use with the method, and a method of treatment of cancer in a subject with the use of the method or kit of the invention.

    Abstract translation: 本发明涉及通过检测来自受试者的样品中的糖基转移酶基因表达来分类受试者中的癌症类型或亚型的方法。 特别地，当方法用于分类受试者中的癌症亚型时，糖基转移酶基因可以是与糖基转移酶基因相关的存活。 本发明还涉及包含用于该方法的糖基转移酶基因生物标志物的试剂盒，以及使用本发明的方法或试剂盒治疗受试者的癌症的方法。

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