公开(公告)号：WO2004093644A3

公开(公告)日：2006-06-01

申请号：PCT/US2004011877

申请日：2004-04-16

申请人： ISIS PHARMACEUTICALS INC ,  SCIENCE APPLIC INT CORP ,  ECKER DAVID J ,  GRIFFEY RICHARD H ,  SAMPATH RANGARAJAN ,  HOFSTADLER STEVEN A ,  MCNEIL JOHN ,  CROOKE STANLEY T ,  SOFIANOS DINO J ,  RUDNICK KARL H ,  KNIZE DUANE J ,  STOUGHTON ROLAND B ,  BASHAM CECIL L JR ,  LEWIS CLIFFORD T ,  LARSON BRONS M ,  BAR-ON JONATHAN R ,  MURRAY DENNIS P ,  ROBBINS DAVID W ,  PENHUNE JOHN P

发明人： ECKER DAVID J ,  GRIFFEY RICHARD H ,  SAMPATH RANGARAJAN ,  HOFSTADLER STEVEN A ,  MCNEIL JOHN ,  CROOKE STANLEY T ,  SOFIANOS DINO J ,  RUDNICK KARL H ,  KNIZE DUANE J ,  STOUGHTON ROLAND B ,  BASHAM CECIL L JR ,  LEWIS CLIFFORD T ,  LARSON BRONS M ,  BAR-ON JONATHAN R ,  MURRAY DENNIS P ,  ROBBINS DAVID W ,  PENHUNE JOHN P

IPC分类号： C12Q1/68 ,  A61B20060101 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G06F19/00

CPC分类号： G06F19/22 ,  Y10T436/24

摘要： Rapid and definitive bioagent detection and identification can be carried out without nucleic acid sequencing. Analysis of a variety of bioagents and samples, such as air, fluid, and body samples, can be carried out to provide information useful for industrial, medical, and environmental purposes. Nucleic acid samples of unknown or suspected bioagents may be collected, optimal primer pairs may be selected, and the nucleic acid may be amplified. Expected mass spectra signal models may be generated and selected, the actual mass spectra of the amplicons may be obtained. The expected mass spectra most closely correlating with the actual mass spectra may be determined using a joint maximum likelihood analysis, and base counts for the actual mass spectra and the expected mass spectra may be obtained. The most likely candidate bioagents may then be determined.

摘要翻译： 可以在不进行核酸测序的情况下进行快速和确定的生物鉴定检测和鉴定。 可以对各种生物标本和样品（如空气，液体和身体样品）进行分析，以提供有用的工业，医疗和环境用途的信息。 可以收集未知或疑似生物标记的核酸样品，可以选择最佳引物对，并且可以扩增核酸。 可以生成和选择预期的质谱信号模型，可以获得扩增子的实际质谱。 可以使用联合最大似然分析确定与实际质谱最密切相关的预期质谱，并且可以获得实际质谱和预期质谱的碱值。 然后可能确定最可能的候选生物标签。

公开(公告)号：WO2004093644A2

公开(公告)日：2004-11-04

申请号：PCT/US2004/011877

申请日：2004-04-16

申请人： ISIS PHARMACEUTICALS, INC. ,  SCIENCE APPLICATIONS INTERNATIONAL CORPORATION ,  ECKER, David, J. ,  GRIFFEY, Richard, H. ,  SAMPATH, Rangarajan ,  HOFSTADLER, Steven, A. ,  McNEIL, John ,  CROOKE, Stanley, T. ,  SOFIANOS, Dino, J. ,  RUDNICK, Karl, H. ,  KNIZE, Duane, J. ,  STOUGHTON, Roland, B. ,  BASHAM, Cecil, L., Jr. ,  LEWIS, Clifford, T. ,  LARSON, Brons, M. ,  BAR-ON, Jonathan, R. ,  MURRAY, Dennis, P. ,  ROBBINS, David, W. ,  PENHUNE, John, P.

发明人： ECKER, David, J. ,  GRIFFEY, Richard, H. ,  SAMPATH, Rangarajan ,  HOFSTADLER, Steven, A. ,  McNEIL, John ,  CROOKE, Stanley, T. ,  SOFIANOS, Dino, J. ,  RUDNICK, Karl, H. ,  KNIZE, Duane, J. ,  STOUGHTON, Roland, B. ,  BASHAM, Cecil, L., Jr. ,  LEWIS, Clifford, T. ,  LARSON, Brons, M. ,  BAR-ON, Jonathan, R. ,  MURRAY, Dennis, P. ,  ROBBINS, David, W. ,  PENHUNE, John, P.

IPC分类号： A61B

CPC分类号： G06F19/22 ,  Y10T436/24

摘要： Rapid and definitive bioagent detection and identification can be carried out without nucleic acid sequencing. Analysis of a variety of bioagents and samples, such as air, fluid, and body samples, can be carried out to provide information useful for industrial, medical, and environmental purposes. Nucleic acid samples of unknown or suspected bioagents may be collected, optimal primer pairs may be selected, and the nucleic acid may be amplified. Expected mass spectra signal models may be generated and selected, the actual mass spectra of the amplicons may be obtained. The expected mass spectra most closely correlating with the actual mass spectra may be determined using a joint maximum likelihood analysis, and base counts for the actual mass spectra and the expected mass spectra may be obtained. The most likely candidate bioagents may then be determined.

摘要翻译： 可以在不进行核酸测序的情况下进行快速和确定的生物鉴定检测和鉴定。 可以对各种生物标本和样品（如空气，液体和身体样品）进行分析，以提供有用的工业，医疗和环境用途的信息。 可以收集未知或疑似生物标记的核酸样品，可以选择最佳引物对，并且可以扩增核酸。 可以生成和选择预期的质谱信号模型，可以获得扩增子的实际质谱。 可以使用联合最大似然分析来确定与实际质谱最密切相关的预期质谱，并且可以获得实际质谱和预期质谱的碱值。 然后可能确定最可能的候选生物标签。