一种内燃机的燃料喷射控制系统，包括：喷射设定装置、转速变化检测装置和喷射控制装置。所述喷射设定装置基于所述内燃机的运行状态计算与所述多次燃料喷射相关的所需喷射次数和所需喷射时刻。所述转速变化检测装置确定发动机转速变化量是否等于或大于预定值。当确定所述发动机转速的变化量等于或大于所述预定值时，所述喷射控制装置控制所述燃料喷射阀以降低或消除实际喷射时刻和所需喷射时刻之间的差。以该方式，甚至在发动机转速快速变化时，也可防止驾驶性能和废气排放的劣化。