本发明公开一种用于纯电动车的两档自动变速器控制系统及控制方法，该控制系统包括整车控制器、驱动电机控制器、变速器控制模块和选换档执行机构，选换档执行机构包括一个选档电机、一个换档电机、档位传感器、一个角位移传感器和机械传动部分。本发明对传统纯电动车传动系统进行改进，变速器采用两档结构，可以提高电动车性能，降低对电机性能的要求，使电机更多的工作在高效率区，延长其续驶里程。在换档过程中，变速器控制模块对选换档执行机构进行自动控制，实现自动换档，降低了操作人员的劳动强度；在换档过程中变速器控制模块、整车控制器和驱动电机控制器通过所设定的控制方法对驱动电机的工作状态进行一体化控制，对驱动电机转速进行精确控制，换档冲击小，提高了整车换档平顺性及乘坐舒适性。