一种燃料电池系统，使向燃料电池供给的氧化气体的供给量减少而进行预热运转，所述燃料电池系统具备：燃料电池；及控制部，调整向所述燃料电池供给的氧化气体及燃料气体的供给量，并控制所述燃料电池的发电状态，所述控制部在减少向所述燃料电池供给的氧化气体的供给量而进行预热运转期间，对所述燃料电池进行短时间的电压变动，取得表示所述燃料电池的输出电压与输出电流之间的关系的电流/电压特性(步骤S02)，并且，基于所取得的电流/电压特性算出所述燃料电池的有效催化剂面积(步骤S02)，基于所算出的有效催化剂面积判定所述燃料电池的预热运转可否结束(步骤S03)。