本发明公开了一种利用鞘茎点霉属(Coleophoma sp.)发酵培养物制备米卡芬净前体化合物的方法。该方法包括对鞘茎点霉属发酵培养物进行过滤、浸提、树脂吸附、解吸、浓缩等步骤，得到FR901379的粗提物；再经硅胶层析对FR901379粗提物进一步纯化，得到高纯度的米卡芬净前体化合物FR901379产品。本发明的优点在于采用树脂吸附、硅胶层析提取分离FR901379，可以制备得到高纯度的米卡芬净前体化合物FR901379，工艺简单易行，适宜于工业化生产。