提供了一种燃料电池系统及其控制方法。燃料电池系统（100）包括：燃料电池（10），其由多个层叠发电体（11）形成；电池单体电压测量单元（91），其检测任一发电体（11）中的负电压；控制单元（20），其控制从燃料电池（10）输出的电力；以及，累积电流值测量单元（21），其测量通过对从燃料电池输出的电流进行时间积分获得的累积电流值。控制单元（20）预先存储在产生负电压的时间段中对于燃料电池（10）容许的累积电流值与电流密度之间的相互关系。当检测到负电压时，控制单元（20）执行输出限制处理，该处理将从燃料电池（10）输出的电力限制为落入由所述相互关系的累积电流值和电流密度限定的运行容许范围中。