本发明公开了一种控制深槽腐蚀形成的半导体膜厚度的方法和半导体结构，通过在半导体晶圆第一面设置测量槽，并在测量槽中形成透明保护层，使得在后续腐蚀形成半导体膜的过程中，测量槽底部的晶圆材料被腐蚀露出透明保护层，根据透明保护层底部限定的参考平面获得其与半导体膜表面的高度差，根据测量槽的深度和所述高度差即可精确得到半导体膜的当前厚度，由此进一步控制腐蚀参数来腐蚀得到厚度精确的半导体膜。本发明克服了由于半导体晶圆厚度误差的造成的半导体膜厚度难以监控和测量的问题。