本发明属于动物细菌学和基因工程疫苗制备技术领域，具体涉及一种不含抗性标记的表达猪产毒多杀性巴氏杆菌toxA基因片段的重组支气管败血波氏杆菌菌株、含有该重组菌的疫苗，其制备方法与应用。本发明得到一株不含抗性标记的表达猪产毒多杀性巴氏杆菌toxA基因片段重组支气管败血波氏杆菌QH0814ΔaroA/toxA-N，该菌株缺失了支气管败血波氏杆菌的5-烯醇丙酮酰莽草酸-3-磷酸合成酶aroA基因，该菌株含有猪产毒多杀性巴氏杆菌toxA基因片段。本发明还公开了该重组菌的制备方法及疫苗的应用。本发明的基因工程疫苗可以刺激猪产生抵抗猪产毒多杀性巴氏杆菌和猪源支气管败血波氏杆菌野毒株的保护性免疫反应，能有效防止猪产毒多杀性巴氏杆菌和猪源支气管败血波氏杆菌的双重感染。