本发明涉及一种深基坑综合止水结构，适用于对深基坑内暗埋段隧道周围的空隙进行止水，在暗埋段隧道下方与深基坑底部之间的空隙内设有止水帷幕墙，防止海水从暗埋段隧道下方的空隙流入岛内；暗埋段隧道与其两侧的钢圆筒之间分别设有扶壁结构，防止海水从暗埋段隧道的两侧流入岛内；由于暗埋段隧道顶端高度低于海平面，暗埋段隧道的上方设有止水墙，止水墙的顶部高度高于海平面，防止海水从暗埋段隧道的上方流入岛内。本发明提供的综合止水结构，通过在暗埋段隧道的不同部位应用不同的止水方案，解决现有止水技术单独使用无法满足人工岛深基坑内的综合止水要求的问题。