本发明公开了一种海底微地形激光扫描成像系统及三维地形重建方法，所述系统包括坐底平台、移动平台、摄像机、激光器、电机舱、驱动舱、控制舱和上位机交互系统；上位机交互系统通过传输机构与电机舱、驱动舱和控制舱连接，用于输送电能、发送控制指令、获取摄像机拍摄的图像以及根据图像绘制海底三维地形图。本发明通过在海底设置用于拍摄海底激光条纹图像的摄像机以及带动和承载摄像机、激光器运动的坐底平台、移动平台等，实现了对海底一定范围内的激光图像扫描，同时根据拍摄的图像能够还原出海底三维地形，实现对海底的探测。