一种从破壁纳豆芽孢杆菌菌体中提取纯化维生素K2的方法，将发酵之后的微生物用超滤和离心进行固液分离，得到湿菌体，用离子束处理湿菌体进行破壁之后，用无水乙醇进行提取，不仅会获得大量的维生素K2，也提取出较少的油脂，在提取过程中进行了粗纯化，为后面一步式高效率纯化提供了很好的溶液。将提取物通过柱萃取，采用极性不同的有机试剂进行萃取纯化，将不同极性的杂质萃取出来，从而使溶液的纯度得到很大提高。之后将其冷冻结晶能得到纯度为95%的维生素K2晶体。本方法省去了传统方法中的干燥和菌体粉碎的过程，提高了提取效率与提取的纯度。并通过一步式纯化就获得纯度较高的维生素K2。