本发明公开一种高灵敏度的EGFR基因突变的检测用引物组合物及其检测方法。该引物组合物包括两条上游引物、探针和下游引物，其中第一条上游引物仅部分与靶序列互补配对，第二条上游引物及探针的序列分别与第一条上游引物上未与靶序列互补配对的部分序列相同。本发明的检测方法采用了数字PCR的方法，在进行常规数字PCR反应前对样本进行解链成单链的预处理。利用本发明的引物组合物及检测方法，可提高EGFR基因突变的检测灵敏度、特异性、降低检测成本；本发明的引物组合物及检测方法适用范围广、对样本中DNA含量要求极低。