本发明公开了一种产两性霉素B的重组结节链霉菌及其应用，所述重组结节链霉菌是敲除结节链霉菌ZJB2016050(Streptomyces nodosus ZJB2016050)内两性霉素B的竞争支路获得的；通过导入功能基因，使两性霉素B骨架合成前体供给量全面提升，提高菌种对营养物质的利用率，改变目标产物的营养物质流向。通过敲除竞争基因簇提高两性霉素B的产量，可提高两性霉素B产量25％，提高菌种在发酵过程中对培养基营养成分的利用率，缩短发酵周期从而降低染菌风险。