本发明公开了一种高速列车压力波保护控制方法，该方法包括以下步骤：进风口空气加压装置接收车外空气，并对车外空气进行加压处理，得到加压后待进车空气；进风口空气加压装置将加压后待进车空气通过预置的进风孔输送到车内；排气口空气加压装置接收车内空气，并对车内空气进行加压处理，得到加压后待出车空气；排气口空气加压装置将加压后待出车空气通过预置的排气孔排出车外。应用本发明实施例所提供的技术方案，避免了隧道内压力波进入车内，保证了车内得到足够量的新鲜空气，提升了乘客体验。本发明还公开了一种高速列车压力波保护控制系统及高速列车，具有相应技术效果。