本发明公开了一种轨道车辆及集装箱运输控制系统，该系统包括输入单元、中控器、传输机构和锁定机构：传输机构的驱动轮系包括若干组驱动单元，驱动单元包括驱动装置、驱动轮和第一检测部件，第一检测部件用于检测集装箱位置信号，驱动装置用于所述驱动轮转动；锁定机构包括多组锁定单元，分别安装于各集装箱停放工位；中控器用于与所述输入单元进行通信并且接收所述第一检测部件、所述第二检测部件的检测信号，并结合输入单元的输入指令和第一检测部件的检测信号控制相应驱动装置动作、结合输入单元的输入指令和所述第二检测部件的检测信号控制相应驱动部件动作，以将集装箱自动运输锁定至相应停放工位或输送至车厢外部。