本发明提供了一种3‑吗啉丙磺酸的制备方法，包括将1,3‑丙烷磺内酯用有机溶剂A溶解得含1,3‑丙烷磺内酯的有机溶液，将吗啉用有机溶剂B溶解得含吗啉的有机溶液；1，3‑丙烷磺内酯和吗啉的摩尔比为1：1；将含1,3‑丙烷磺内酯的有机溶液，以及含吗啉的有机溶液分别同时泵入微通道反应器中反应得到反应液；所述含1,3‑丙烷磺内酯的有机溶液的泵入速率为20～35kg/h，所述含吗啉的有机溶液的泵入速率为10～25kg/h；将得到反应液采用冷冻结晶析出3‑吗啉丙磺酸粗品，然后通入氮气压滤得到3‑吗啉丙磺酸成品。该方法以1，3‑丙烷磺内酯和吗啉作为原料采用微通道反应器，并设置反应条件，能够大大提高产品的收率。