本发明公开了一种系统故障定位方法，包括：建立节点-故障-测试相关矩阵；基于待测系统的几何拓扑模型和测试结果，并结合待测系统监测传感器故障检测率与建立的节相关矩阵，计算待测系统的单点报警概率矩阵，进而建立待测系统的整体报警概率矩阵；计算实时故障观察向量和待测系统的整体报警概率矩阵的马氏距离，按马氏距离的从大到小排序，选取前s个马氏距离值对应的单点故障或者故障组合，按照从大到小原则输出系统故障定位结果。该方法在考虑监测设备故障检测率的基础上，通过衡量实时故障观测向量与待测系统的测试结果的概率空间相似度，实时快速定位系统故障原因，适用于单点故障和多点故障的情况，具有强操作性和高正确性，便于工程实现。