提供一种燃料电池系统，其具备：燃料电池，其接受燃料和空气的供给来进行发电；重整器，其对向燃料电池供给的燃料进行重整；热源装置，其对从燃料电池排出的排气进行加热来生成加热气体，并且对重整器进行加热；燃料电池加热装置，其利用加热气体来加热向燃料电池供给的空气；燃料电池温度获取部，其获取燃料电池的温度；以及重整器温度获取部，其获取重整器的温度。而且，该燃料电池系统具备控制器，该控制器在重整器和燃料电池的暖机运转中，基于重整器的温度和燃料电池的温度，来控制热源装置和燃料电池加热装置中的至少任一方，从而调节排气的加热量和加热气体对空气的加热量中的至少任一方。