本公开涉及一种用于确定RNA基因融合的方法、电子设备和计算机存储介质。该方法包括：获取关于RNA候选的基因组合的检测数据；响应于确定基因组合属于系统性非特异性组合基因，去除基因组合，系统性非特异性组合基因是基于多个正常样本的RNA候选的基因组合中重复出现的非特异性组合而确定；确定所留下的基因组合的断点是否满足预定条件；以及响应于确定所留下的基因组合的断点满足预定条件，基于组装后读长所对应的基因组合中的每一个基因的比对的唯一性，确定关于RNA融合的阳性结果。本公开能够明显有效降低RNA基因融合检测结果的假阳性。