本发明提供了一种三维立体混合集成电路封装结构及装配方法，属于半导体封装技术领域，包括封装外壳、下层基板、上层基板，封装外壳设有贯穿封装外壳的底板的引脚；上层基板和下层基板通过BGA植球倒装焊工艺实现叠层互联；下层基板的下层正面焊盘上和上层基板的上层正面焊盘均设有元器件。本发明提供的三维立体混合集成电路封装结构，能够提高混合集成电路的集成度，同时可以把体积较大且需要调试的元器件放置上层基板上，方便单独调试和单独装配，而且调试时不损伤其他器件，提高了产品的可操作性和简化装配难度。