本发明公开了一种汽车-集装箱两用凹底运输车，属于铁路运输技术领域，包括下层底架、中部底架升降装置和端部底架升降装置；中部底架升降装置包括中部上层底架、中上架升降装置和中上架锁定装置；中上架升降装置用于控制中部上层底架竖向升降；中上架锁定装置用于将中部上层底架高度锁定；端部底架升降装置包括端部上层底架和端上架控制装置；端上架控制装置用于控制端部上层底架升降、锁定、翻转。本发明的一种汽车-集装箱两用凹底运输车，能够有效提高车辆底架全长度利用率，降低运输成本，避免集装箱碰撞，结构精巧，操作方便。