本发明提出了一种以木聚糖酶和酸性蛋白酶为主的酶制剂及其菌株和应用，其中培养得到以木聚糖酶、蛋白酶、果胶酶、葡聚糖酶、淀粉酶、甘露聚糖酶、葡萄糖苷酶、半乳糖苷酶、糖化酶为主，阿魏酸酯酶、植酸酶、羧肽酶、磷酸酶、过氧化氢酶多种伴生酶为辅的富含天然复杂酶类的多酶系复合酶制剂。黑曲霉(Aspergillus niger)，命名为黑曲霉BAK200308，其保藏号为CGMCC No.19615。本发明产出的酶之间具有很好的补充和配合作用，对裂解植物细胞壁中的大分子化学键、松散致密有序的空间结构变得具有重要的协同作用。该筛选菌株能够一菌产多酶，具有生长稳定、产酶种类多、安全的特性。