本发明的目的在于提供一种柴油机的EGR系统的控制方法、系统及应用，包括如下步骤：S1：根据柴油机的转速和扭矩，获得该工况下所需的目标EGR率；S2：将实时EGR率与所述S1步骤所述的目标EGR率进行比较，若实时EGR率比目标EGR率小，使EGR废气量增大，实时EGR率达到目标EGR率，反之亦然；本发明在EGR管路中设置EGR阀，灵活控制EGR率，并且所述的EGR系统的控制方法，能够根据柴油机全工况的要求，在柴油机中等转速和中等负荷采用较大的EGR率，在高转速和高负荷采用较小的EGR率，在保证柴油机性能的前提下，最大限度地降低NOx排放。