本发明的燃料电池系统(1)具备第1燃料电池(4a)、第2燃料电池(4b)、第1电压检测装置(Va)及第2电压检测装置(Vb)、以及控制装置(3)。上述第1电压检测装置检测平均每N块上述第1燃料电池(4a)的第1单电池(4a2)的电压，上述第2电压检测装置(Vb)检测上述第2燃料电池(4b)整体的电压、或者比上述N块多的平均每M块上述第2燃料电池(4b)的第2单电池(4b2)的电压，在能够视为上述第1燃料电池(4a)与上述第2燃料电池(4b)的状态近似的规定条件成立的情况下，上述控制装置(3)基于上述第1电压检测装置(Va)的检测结果，判定任意一个上述第2单电池(4b2)是否处于燃料缺乏状态。