本发明是转换燃料电池组的电力的电力转换器的控制装置和燃料电池系统，上述电力转换器包括第1和第2电抗器、与上述第1电抗器连接的第1开关元件、以及与上述第2电抗器连接的第2开关元件，上述第2电抗器位于比上述第1电抗器靠近冷却水排出歧管的位置，控制装置构成为：设定上述第1和第2开关元件的各自的第1和第2占空比，执行限制控制，上述限制控制通过控制上述第1和第2占空比的设定，从而在上述第1和第2开关元件的开闭的至少多个周期的期间内，将由第2电流引起的该第2电抗器的第2热量限制得比由第1电流引起的该第1电抗器的第1热量小。