本发明公开了一种水下块石基床自动打夯方法及系统，该方法包括如下步骤：在工作母船上的自动打夯机锤头中心线位置安装定向仪天线和定位仪天线，在船舱内配置一台工控电脑用于导航定位软件安装；在界面上进行船型设计；导入DXF格式的工程底图，或导入DAT格式或自定义格式的水深点数据作为水深底图；进行计划线布线；设置好参数后，施工人员根据工控电脑显示精确引导夯锤到夯点位置，在施工过程中对夯锤的平面位置和夯击范围进行实时动态监测，结合数据库、软件工程及GIS地理信息系统，对打夯施工过程进行动态映射和模拟，实现严格的过程控制和存储。本发明将高精度的定位系统与自动打夯机相结合，提高了打夯施工自动化进程。