本发明涉及一种寡核苷酸空间坐标编码方法及其微流控装置，属于分子生物学技术领域。本发明提供了一种寡核苷酸空间坐标编码方法，预设需编码的寡核苷酸全序列为由n+i段寡核苷酸序列片段连接而成，并根据此预设，合成n组不同寡核苷酸序列片段X以及i组不同寡核苷酸序列片段Y；设置由X流道和Y流道正交设置而成的寡核苷酸合成阵列，使得X流道和Y流道的交汇处形成供寡核苷酸序列片段连接的编码区域；逐轮对寡核苷酸合成阵列的每一个X流道和Y流道分别施加寡核苷酸序列片段X和寡核苷酸序列片段Y，使得寡核苷酸序列片段X和寡核苷酸序列片段Y在编码区域逐步连接，得到需编码的寡核苷酸全序列。所述方法大大降低了寡核苷酸的合成成本。